Ανέλαβε καλλιτεχνικός διευθυντής του Μεγάρου Μουσικής Αθηνών τον Δεκέμβριο του 2012 ύστερα από την παραίτηση του Νίκου Τσούχλου. Από την 1η Ιανουαρίου του τρέχοντος έτους ο Γιώργος Κουρουπός έχει υποβάλει την παραίτησή του, η οποία φέρεται τελεσίδικη, όπως δηλώνει ο ίδιος στο «ΝΣυν».

Έτσι κι αλλιώς ο συνθέτης ήταν ήδη σε συνεννόηση με τον πρόεδρο του ιδρύματος Ιωάννη Μάνο από τον περασμένο Ιούνιο και είχε εκφράσει την επιθυμία του να απεμπλακεί για να επιστρέψει πιο ενεργά στη μουσική σύνθεση ή να συνεχίσει ημιτελείς εργασίες.

Οι αρχές του 2016 ήταν το «έσχατο όριο» που είχε θέσει ο ίδιος, ενώ είχε υπερβεί και τη μεταβατική θητεία των δύο χρόνων, όπως ήταν η αρχική στόχευση. Μετά την ολοκλήρωση και του τρίτου χρόνου, ο συνθέτης θεώρησε πλεόν τη χρονική στιγμή κατάλληλη για να παραιτηθεί.