Οι τρεις ελληνικές ομάδες που μετέχουν στο Γιουρόπα Λιγκ, μπορούν να ελπίζουν στην πρόκριση στην επόμενη φάση, μετά την κλήρωση των ομίλων, την Παρασκευή, στο Μονακό.  

Ο Ολυμπιακός θα αντιμετωπίσει τον πρωταθλητή Κύπρου ΑΠΟΕΛ, την ελβετική Γιουνγκ Μπόις και την Αστάνα από το Καζακστάν.

Ο ΠΑΟΚ θα αγωνιστεί στον 10ο όμιλο κόντρα στην ιταλική Φιορεντίνα, την τσεχική Σλόβαν Λίμπερετς και την Καραμπάχ από το Αζερμπαϊτζάν.

Τέλος, ο Παναθηναϊκός είχε αναμενόμενα την θεωρητικά πιο δύσκολη κλήρωση, καθώς βρίσκεται στον 7ο όμιλο μαζί με τον Αγιαξ, τη Σταντάρ Λιέγης και την ισπανική Θέλτα.

Η πρώτη αγωνιστική των ομίλων είναι προγραμματισμένη για τις 15 Σεπτεμβρίου, η 6η και τελευταία αγωνιστική θα διεξαχθεί στις 8 Δεκεμβρίου, ενώ ο τελικός της διοργάνωσης  στις 24 Μαΐου 2017 στη Στοκχόλμη.

Οι όμιλοι που προέκυψαν από την κλήρωση έχουν ως εξής:

1ος ΟΜΙΛΟΣ
----------
Μάντσεστερ Γιουνάιτεντ (Αγγλία)
Φενερμπαχτσέ (Τουρκία)
Φέγενορντ (Ολλανδία)
Ζόρια Λουχάνσκ (Ουκρανία)

2ος ΟΜΙΛΟΣ
----------
ΟΛΥΜΠΙΑΚΟΣ (ΕΛΛΑΔΑ)
ΑΠΟΕΛ (Κύπρος)
Γιουνγκ Μπόις (Ελβετία)
Αστάνα (Καζακστάν)

3ος ΟΜΙΛΟΣ
----------
Άντερλεχτ (Βέλγιο)
Σεντ Ετιέν (Γαλλία)
Μάιντς (Γερμανία)
Καμπάλα (Αζερμπαϊτζάν)

4ος ΟΜΙΛΟΣ
----------
Ζενίτ Αγίας Πετρούπολης (Ρωσία)
Άλκμααρ (Ολλανδία)
Μακάμπι Τελ Αβίβ (Ισραήλ)
Ντάνταλκ (Ιρλανδία)

5ος ΟΜΙΛΟΣ
----------
Βικτόρια Πλζεν (Τσεχία)
Ρόμα (Ιταλία)
Αούστρια Βιένης (Αυστρία)
Άστρα Γκιούργκιου (Ρουμανία)

6ος ΟΜΙΛΟΣ
----------
Αθλέτικ Μπιλμπάο (Ισπανία)
Γκενκ (Βέλγιο)
Ραπίντ Βιένης (Αυστρία)
Σασουόλο (Ιταλία)

7ος ΟΜΙΛΟΣ
----------
Άγιαξ (Ολλανδία)
Σταντάρ Λιέγης (Βέλγιο)
Θέλτα Βίγκο (Ισπανία)
ΠΑΝΑΘΗΝΑΪΚΟΣ (ΕΛΛΑΔΑ)

8ος ΟΜΙΛΟΣ
----------
Σαχτάρ Ντόνετσκ (Ουκρανία)
Μπράγκα (Πορτογαλία)
Γάνδη (Βέλγιο)
Κόνιασπορ (Τουρκία)

9ος ΟΜΙΛΟΣ
----------
Σάλκε (Γερμανία)
Σάλτσμπουργκ (Αυστρία)
Κράσνονταρ (Ρωσία)
Νις (Γαλλία)

10ος ΟΜΙΛΟΣ
-----------
Φιορεντίνα (Ιταλία)
ΠΑΟΚ (ΕΛΛΑΔΑ)
Σλόβαν Λίμπερετς (Τσεχία)
Καραμπάχ (Αζερμπαϊτζάν)

11ος ΟΜΙΛΟΣ
-----------
Ίντερ (Ιταλία)
Σπάρτα Πράγας (Τσεχία)
Σαουθάμπτον (Αγγλία)
Χάποελ Μπερ Σεβά (Ισραήλ)

12ος ΟΜΙΛΟΣ
-----------
Βιγιαρεάλ (Ισπανία)
Στεάουα Βουκουρεστίου (Ρουμανία)
Ζυρίχη (Ελβετία)
Οσμανλισπόρ (Τουρκία)