Αφησε τη διπλή σφραγίδα του στην ΑΕΚ

Ο νυν ομοσπονδιακός τεχνικός Φερνάντο Σάντος αφίχθη για πρώτη φορά στην Ελλάδα το καλοκαίρι του 2001. Ανέλαβε την προπονητική ηγεσία της ΑΕΚ και αποχώρησε τον Ιούνιο του 2002, αφού την οδήγησε στην κατάκτηση του Κυπέλλου Ελλάδας. Δύο χρόνια αργότερα (2004), ο πρώην παίκτης του στους Κιτρινόμαυρους και τότε πρόεδρός της Ντέμης Νικολαΐδης τον έφερε πίσω για να αναμορφώσει μία ομάδα που είχε φθάσει στα πρόθυρα τη διάλυσης. Την κατέστησε αμέσως πρωταγωνίστρια διεκδικώντας το πρωτάθλημα της σεζόν 2004-05 ώς την προτελευταία αγωνιστική και οδηγώντας την στα προκριματικά του Τσάμπιονς Λιγκ την αμέσως επόμενη περίοδο (2005-06). Ουδείς κατάλαβε γιατί η ΑΕΚ τον εξώθησε σε φυγή το καλοκαίρι του 2006 προκειμένου να δώσει τα ηνία στον Ισπανό Λορένσο Σέρα Φερέρ.