Ο Μοχάμεντ Αλι είχε μπει από νωρίς στο μικροσκόπιο του FBI λόγω της θρησκείας του και της έντονης εκστρατείας που διεξήγε κατά των φυλετικών διακρίσεων.

Μετά την άρνησή του να καταταγεί στις αμερικανικές ένοπλες δυνάμεις για να πολεμήσει στο Βιετνάμ, το FBI άρχισε να ενδιαφέρεται ακόμη περισσότερο για την Αλι. «Δεν έχω τίποτε εναντίον των Βιετκόνγκ. Κανείς Βιετναμέζος δεν με αποκάλεσε ποτέ νέγρο» είχε πει τότε.

Επίσης οι αμερικανικές Αρχές τον παρακολουθούσαν κατά τη διάρκεια της πολιτικής εκστρατείας που ξεκίνησε στη συνέχεια, μιλώντας κατά του πολέμου. Η άρνησή του να υπηρετήσει στις ένοπλες δυνάμεις τον έθεσε εκτός αθλήματος από το 1967 έως το 1970, αφού οι αμερικανικές πολιτείες δεν του έδιναν άδεια να αγωνιστεί ενώ του είχε αφαιρεθεί και το διαβατήριό του. Το 1983 ο Μοχάμεντ Αλι διαγνώστηκε πως πάσχει από Πάρκινσον και τα τελευταία χρόνια η κατάσταση της υγείας του έχει επιδεινωθεί.