Για ενδείξεις σύμφωνα με τις οποίες το αιγυπτιακό αεροπλάνο είχε πρόβλημα προτού βγει από τον ελληνικό εναέριο χώρο, κάνουν λόγο κύκλοι της ελληνικής Υπηρεσίας Πολιτικής Αεροπορίας (ΥΠΑ).

H Ελλάδα ενημέρωσε την Αίγυπτο για την απώλεια του αεροσκάφους της Egypt Air, τα ξημερώματα, λίγο μετά την είσοδό του στο FIR της Αιγύπτου, σύμφωνα με πληροφορίες από την ΥΠΑ.

Συγκεκριμένα, η πτήση MSR 804 των Αιγυπτιακών αερογραμμών,που εκτελούσε το δρομολόγιο Παρίσι – Κάιρο εισήλθε στο FIR Αθηνών στις 02:24 τη νύχτα. Το αεροσκάφος αφού αναγνωρίσθηκε, εξουσιοδοτήθηκε από τον αρμόδιο ελεγκτή εναέριας κυκλοφορίας να συνεχίσει την πορεία του.

Στις 02:48 πμ κι ενώ το Airbus 320 πετούσε στα 37.000 πόδια πάνω από την Κέα, υπήρξε νέα επικοινωνία του Κέντρου Ελέγχου Περιοχής Αθηνών (ΚΕΠΑΘ) αυτή τη φορά με τον πιλότο του, στον οποίο δόθηκε νέα εξουσιοδότηση για το σημείο εξόδου του από το FIR Αθηνών. Μάλιστα, ο πιλότος ήταν ευδιάθετος και ευχαρίστησε τον ελεγκτή στα ελληνικά.

Στις 03:27 π.μ ο ελεγκτής του ΚΕΠΑΘ προσπάθησε να επικοινωνήσει εκ νέου με τον πιλότο του αεροσκάφος για να μεταβιβάσει την επικοινωνία και τον έλεγχο της πορείας του από από το FIR Αθηνών στο FIR Καΐρου.

Ωστόσο, παρά τις επανειλημμένες κλήσεις του ελεγκτή, ο πιλότος του αεροσκάφους δεν ανταποκρίθηκε, οπότε ο ελεγκτής τον κάλεσε στην συχνότητα κινδύνου χωρίς όμως να λάβει και πάλι οποιαδήποτε απόκριση από την πλευρά του αεροσκάφους.

Στις 03:29 π.μ το αεροσκάφος, με βάση τα ραντάρ του ΚΕΠΑΘ βρισκόταν ακριβώς στο σημείο εξόδου από το FIR Αθηνών.

Στις 03:29:40 πμ χάθηκε και το στίγμα του αεροσκάφους από τα ραντάρ. Την ώρα αυτή, σύμφωνα με την ΥΠΑ, βρισκότανπερίπου 7 ναυτικά μίλια νότια/νοτιοανατολικά του σημείου Κούμπι (βρίσκεται νότια της Κρήτης), εντός του FIR Καΐρου.

Το ΚΕΠΑΘ απευθύνθηκε και στους ελεγκτές της Πολεμικής Αεροπορίας -στρατιωτικά ραντάρ- ζητώντας να ενημερωθεί εάν εξακολουθούν να βλέπουν το ίχνος του αεροσκάφους. Ομως, η απάντηση που έλαβε ήταν αρνητική.

Στις3:45 π.μ ενεργοποιήθηκαν οι διαδικασίες έρευνας και διάσωσης (μέσω ΕΚΣΕΔ, ΕΚΑΕ και ΚΕΝΑ), ενώ παράλληλα ενημερώθηκε και το Κέντρο Ελέγχου Περιοχής Καΐρου.

Από ελληνικής πλευράς κινητοποιήθηκε ένα C130 και ένα ελικόπτερο που μετέβη από τη Ρόδο στην Κάρπαθο, καθώς και η φρεγάτα «Νικηφόρος Φωκάς», μετά και από μαρτυρία εμπορικού πλοίου ότι είδε λάμψη 130 μίλια νοτιανατολικά της Καρπάθου. Η περιοχή είναι στα όρια των FIR Ελλάδας, Αιγύπτου και Κύπρου.