Από τη δεύτερη κιόλας αράδα του μυθιστορήματος προβάλλουν τα σύννεφα, «μια συννεφιά και βαρύς ουρανός», που θα κυριαρχήσουν στις ψυχές και θα ερμηνεύουν συμβολικά τις διαθέσεις των ηρώων ως ένα αντίστροφο κάτοπτρο. Αλλωστε, η Νεφέλη, η ηρωίδα του μυθιστορήματος, φέρει και ένα αντίστοιχο όνομα, «μια γυναίκα που συστήνεται ως σύννεφο». Είναι μια νέα γυναίκα με όλες τις ανασφάλειες, τις αναστολές που θα είχε μια σύγχρονη μάνα και Ελληνίδα που επέλεξε να ζήσει και να εργαστεί στο εξωτερικό. Βλέπει τον κόσμο γύρω της ως θραύσματα επεισοδίων, βλέπει τοπία ανοίκεια με μια λοξή ματιά, με δυσφορία. Παντρεμένη με τον Σαμ, ζουν σε μια βόρεια πόλη της Αγγλίας, όμως εκείνος χάνει την ευκαιρία μιας ακαδημαϊκής καριέρας και μετακομίζει στη Βαρκελώνη για να διδάξει αγγλικά και να γράψει ένα μυθιστόρημα για εφήβους. Ο γάμος τους δεν περνάει την καλύτερη φάση, μια προσυμφωνημένη διάσταση τους βολεύει προς το παρόν.
Η Νεφέλη μετακομίζει σε ένα μικρότερο σπίτι μαζί με τον γιο της, τον Νικόλας. Αυτές τις πρώτες ημέρες της οικογενειακής αναταραχής παρακολουθούμε τον βασικό κορμό του μυθιστορήματος. Οι δύο σύζυγοι έρχονται αντιμέτωποι με καινούργια περιβάλλοντα, μόνον που ο Σαμ δεν μένει τελικά στη Βαρκελώνη και ξαναγυρίζει σε μια γειτονική αγγλική πόλη, κρυμμένος. Η Νεφέλη στο μεταξύ έχει να αντιμετωπίσει και τον γιο της που αντιλαμβάνεται πολύ περισσότερα απ" όσα του αποκαλύπτονται. Ο Νικόλας είναι μανιακός αναγνώστης του Χάρι Πότερ, έχοντας βρει καταφύγιο στις μαγικές υπεκφυγές. Αποφεύγει τον αληθινό κόσμο, μισεί τη θάλασσα, μιλάει στον εαυτό του υποδυόμενος ρόλους. Αντικοινωνικό παιδί, «ανελλήνιστο», διατηρεί μια ένταση μέσα του που επιδεινώνεται από τη στιγμή της φυγής του πατέρα του.
Δίπλα στη Νεφέλη κάθεται μια ιδιότυπη Εγγλέζα, η Μαριάν, που σύντομα θα μπει στη ζωή της Νεφέλης και ακόμη περισσότερο του Νικόλας. Είναι μόνη και ασχολείται με τα σύννεφα – «συλλέκτρια νεφών», όπως δηλώνει. Ο πατέρας της είχε πολεμήσει στην Κρήτη, να ένας ακόμη λόγος να συνδεθεί με την ελληνική κατά το ήμισυ οικογένεια. Κάποια στιγμή θα δώσει στη Νεφέλη ένα σύντομο ημερολόγιο του πατέρα της από την εποχή της Κρήτης. Θα απλώσει ταυτόχρονα το χέρι και στον Νικόλας και, σαν γιαγιά και καλή μάγισσα της εποχής, θα τον κουβαλάει μαζί της σε εκδρομές μέχρι τον Φάρο. Εκεί στα ψηλά θα του μάθει τη θάλασσα και τα σήματα Μορς, σήματα που εκπέμπονται και στο βιβλίο που γράφει ήδη ο Σαμ.
Υπάρχει μια διαρκής αλληλοπλοκή και διείσδυση ιστοριών στη ζωή των ηρώων, τόσο εκείνων που είναι ρεαλιστικοί όσο κι εκείνων που είναι μυθοπλαστικοί στα ενσωματωμένα κείμενα. Ο Σαμ έχει δώσει στους δικούς του χάρτινους ήρωες ονόματα, όπως Χάρι και Ρον, που βγαίνουν μέσα από τα διαβάσματα του γιου του. Αυτοί αναλαμβάνουν επικίνδυνες επιχειρήσεις στα σύννεφα και στα πέλαγα. Θα έλεγε κανείς ότι με το βιβλίο αυτό ο Σαμ απλώνει ένα χέρι συμφιλίωσης στον Νικόλας αλλά και στον εαυτό του. Αντί να παραμείνει ένας συμβιβασμένος καθηγητής καταπιάνεται με ένα βιβλίο για εφήβους, που σίγουρα δεν το εκτιμά η Νεφέλη λέγοντας: «Να γράφει τι; Κανένας δεν διαβάζει. Ούτε κι εσύ ο ίδιος».
Η ζωή και η μυθοπλασία αντιπαρατίθενται στα κείμενα του Σαμ και  στο ημερολόγιο του άγγλου αγωνιστή. Κάποιοι ήρωες πολεμούν σε φανταστικούς κόσμους και άλλοι πάλεψαν κόντρα στον ναζισμό. Ο ένας Αγγλος πολέμησε στην Κρήτη και ο άλλος δίνει τη μάχη επιβίωσης σε μια θολή Ευρώπη που μόνον καλές ευκαιρίες δεν δίνει πια στους πολίτες της. Η μάχη του Αγγλου διεξήχθη στα Σφακιά απ"  όπου πέρασαν απέναντι στη Γαύδο παλαιότερα για διακοπές η Νεφέλη και ο Νικόλας – όπου η Νεφέλη γνώρισε τον Ανδρέα, έναν πρόσκαιρο εραστή, ένα ακόμη μυστικό στο νεφελώδες οικογενειακό της τοπίο. Η κρίση της οικογένειας κορυφώνεται με τη φυγή του Νικόλας και με διαρκείς ανατροπές μέχρι το τέλος του βιβλίου.