Ο διάδοχος του στρατηγού Πετρέους

Αμφιλεγόμενη είναι η επιλογή του Ομπάμα για το τιμόνι της CIA. Ο 57χρονος Τζον Μπρέναν, σύμβουλος σήμερα του αμερικανού Προέδρου για αντιτρομοκρατικά θέματα, εργαζόταν στη CIA επί 25 χρόνια. Ο Ομπάμα μετά την εκλογή του εξέτασε το ενδεχόμενο να τον τοποθετήσει επικεφαλής της CIA, γεγονός που αμέσως προκάλεσε αντιδράσεις καθώς ο Μπρέναν είχε εκφραστεί υπέρ των «ενισχυμένων τεχνικών ανάκρισης», δηλαδή της χρήσης βασανιστηρίων όπως ο εικονικός πνιγμός. Τότε ο Μπρέναν είχε αποσυρθεί και μάλιστα είχε στείλει επιστολή στον Λευκό Οίκο αναφέροντας ότι διαφωνεί με πολλές από τις πολιτικές των κυβερνήσεων Μπους. Παρά τις αντιδράσεις, ο Ομπάμα τον διόρισε διευθυντή Αντιτρομοκρατίας. Εκτοτε ο Μπρέναν έχει κερδίσει τα εύσημα για τη συμβολή του στο σχέδιο εκτέλεσης του  Οσάμα μπιν Λάντεν το 2011, κάτι που οι υποστηρικτές του ελπίζουν ότι θα λειτουργήσει υπέρ του. Οι επικριτές του υπενθυμίζουν ότι δική του πρόταση είναι οι επιθέσεις με μη επανδρωμένα αεροσκάφη στο Αφγανιστάν, που συχνά έχουν ως θύματα αμάχους, γεγονός που οδηγεί και άλλους νέους στην Αλ Κάιντα.