Δεκατρία πρώην διευθυντικά στελέχη του ΟΣΕ διώκονται για κακουργηματική απιστία και άμεση συνέργεια στο αδίκημα, με τις επιβαρυντικές διατάξεις του Νόμου 1608/1950 περί καταχραστών του Δημοσίου, για «αμαρτωλές» συμβάσεις που είχαν υπογραφεί επί των ημερών του πρώην υπουργού Μεταφορών Μιχάλη Λιάπη. Η ποινική δίωξη ασκήθηκε από την εισαγγελέα Πρωτοδικών Πόπη Παπανδρέου, η οποία διενήργησε την προκαταρκτική εξέταση για τα μη πολιτικά πρόσωπα ενώ, όπως όφειλε, είχε διαβιβάσει μέσω της Εισαγγελίας του Αρείου Πάγου τη δικογραφία στη Βουλή, τα μέλη της οποίας έχουν την αποκλειστική αρμοδιότητα κάθε φορά να ερευνούν ενδεχόμενες ποινικές ευθύνες για υπουργούς.

Οι ύποπτες συμβάσεις που ελέγχθηκαν από την Εισαγγελία αφορούσαν:

– Ενοικίαση 8 τρένων Desiro για τον προαστιακό σιδηρόδρομο, με τίμημα ένα εκατομμύριο ευρώ τον μήνα. Oι ίδιες αυτοκινητάμαξες είχαν παραχωρηθεί δωρεάν στον OΣE από την κοινοπραξία Siemens – Nαυπηγεία Σκαραμαγκά ως ρήτρα για τη μη έγκαιρη παράδοση του καινούργιου τροχαίου υλικού. Το υπόλοιπο των ρητρών που εξακολουθούσε να χρωστά η κοινοπραξία ανερχόταν σε 8,343 εκατομμύρια ευρώ. Με το ποσό αυτό τα 8 τρένα θα μπορούσαν να παραμείνουν χωρίς καμία επιβάρυνση στη διάθεση του Οργανισμού για άλλους 78 μήνες (εξίμισι χρόνια)! Αντί γι’ αυτό η διοίκηση του OΣE αποφάσισε να τα ενοικιάσει.

– Προμήθεια τροχαίου υλικού: Από τον Ιούλιο του 2006 είχε εγκριθεί ομόφωνα από την αρμόδια διακομματική επιτροπή της Βουλής το πρόγραμμα προμήθειας τροχαίου υλικού του ΟΣΕ. Παρότι είχε περάσει ένας χρόνος, δεν είχαν ξεκινήσει οι διαγωνιστικές διαδικασίες, ενώ η διοίκηση είχε προσπαθήσει δύο φορές να τροποποιήσει τις ήδη εγκεκριμένες προδιαγραφές.

– Καθυστέρηση παράδοσης από τον ανάδοχο του ολοκληρωμένου πληροφορικού συστήματος διαχείρισης επιβατών.