Επί των ημερών του Γκλιγκόροφ υπεγράφη η Ενδιάμεση Συμφωνία με την Ελλάδα, τον Σεπτέμβριο του 1995. Η κυβέρνηση Ανδρέα Παπανδρέου ήρε το εμπορικό εμπάργκο που είχε επιβάλει στα Σκόπια επιθυμώντας να τα πιέσει οικονομικά, ενώ η ΠΓΔΜ αποδέχθηκε να αντικαταστήσει στη σημαία τον ήλιο της Βεργίνας και να αλλάξει το Σύνταγμά της, αφαιρώντας από τις διατάξεις του όλες τις αλυτρωτικές αναφορές που η ελληνική πλευρά χαρακτήριζε «επιθετικές βλέψεις» (όπως την αναφορά που έκανε λόγο για «δικαιώματα των μελών του μακεδονικού λαού σε γειτονικές χώρες»). Δεν είναι λίγοι όσοι πιστεύουν ότι η οικειοποίηση του ήλιου της Βεργίνας από τον Γκλιγκόροφ δεν ήταν παρά ακόμη ένας ελιγμός. Κι αυτό, προκειμένου να εγκαταλείψει στο μέλλον το σύμβολο με αντάλλαγμα την αναγνώριση της χώρας του από την Ελλάδα.

Με την Ενδιάμεση Συμφωνία παρέμεινε σε εκκρεμότητα μόνο το ζήτημα της ονομασίας, για το οποίο συμφωνήθηκε να ανοίξει κύκλος διαπραγματεύσεων υπό την αιγίδα του ΟΗΕ. Οπως λένε έμπειροι διπλωμάτες, «ίσως να είναι η μόνη συμφωνία που έχει υπογράψει η Ελλάδα, όπου δεν αναφέρεται καν το όνομά της. Οι μόνες αναφορές είναι σε «πρώτο και δεύτερο μέρος»». Η Ενδιάμεση Συμφωνία ηρέμησε τότε τα πνεύματα, αλλά μόνο για λίγο. Η ΠΓΔΜ επιδόθηκε σε αγώνα δρόμου καλλιέργειας διμερών σχέσεων με πολλές χώρες, από τις οποίες απέσπασε και αναγνωρίσεις με τη συνταγματική ονομασία της.

… και η καταδίκη στη Χάγη

Η Συμφωνία επανήλθε θλιβερά στο προσκήνιο με την καταδικαστική για την Ελλάδα ετυμηγορία του Διεθνούς Δικαστηρίου της Χάγης, σύμφωνα με την οποία με το βέτο στο Βουκουρέστι η Ελλάδα παραβίασε την Ενδιάμεση Συμφωνία. Ολα αυτά, ενώ είναι πρώτη η ΠΓΔΜ που έχει καταστρατηγήσει συστηματικά τη Συμφωνία τα τελευταία χρόνια. Για πολλούς ήταν εξαρχής μια χαμένη υπόθεση για την Ελλάδα, γι’ αυτό και είναι γενικευμένη η πεποίθηση στη Βασιλίσσης Σοφίας ότι η αρνητική για την Ελλάδα ετυμηγορία ήταν αναμενόμενη και θα μπορούσε να είχε αποφευχθεί με την καταγγελία της Ενδιάμεσης Συμφωνίας πριν από το Βουκουρέστι. Ακόμη και σήμερα υπάρχουν φωνές που ζητούν την καταγγελία της Συμφωνίας (θα είναι σε ισχύ για έναν χρόνο μετά την καταγγελία της). Και ψέγουν το ΥΠΕΞ ότι περισσότερο από έναν μήνα μετά την απόφαση της Χάγης δεν έχει προχωρήσει σε τερματισμό της ισχύος της Συμφωνίας, ώστε να μπει στην τελική ευθεία διαπραγματεύσεων για την ονομασία χωρίς βαρίδια.