Την «αφαίμαξη» του Πράσινου Ταμείου καταγγέλλουν οι περιβαλλοντικές οργανώσεις. Σε κοινή τους ανακοίνωση οι περιβαλλοντικές οργανώσεις Αρκτούρος, Αρχέλων, Ελληνική Εταιρεία Περιβάλλοντος και Πολιτισμού, Ελληνική Εταιρεία Προστασίας της Φύσης, Ελληνική Ορνιθολογική Εταιρεία, Καλλιστώ, Δίκτυο Μεσόγειος SOS, Mom – Εταιρεία Μελέτης και Προστασίας της Μεσογειακής Φώκιας, Greenpeace και WWF επισημαίνουν:

«Με την τροπολογία του υπουργείου Οικονομικών, το 95% των πόρων που εισπράττονται υπέρ του Πράσινου Ταμείου από τις ρυθμίσεις για τους ημιυπαίθριους και την τακτοποίηση των αυθαιρέτων και της είσπραξης των προστίμων για περιβαλλοντικά εγκλήματα θα καταλήγει τελικά στον κρατικό προϋπολογισμό. Το ίδιο προφανώς ισχύει και για τους πόρους του Ειδικού Φορέα Δασών που ενσωματώθηκε στο Πράσινο Ταμείο και χρηματοδοτεί τις απαραίτητες ενέργειες για δασική προστασία και διαχείριση».

Στην ίδια ανακοίνωση οι περιβαλλοντικές οργανώσεις υποστηρίζουν ότι: «Δεδομένου ότι μέρος των πόρων που εισπράχθηκαν από τη ρύθμιση των ημιυπαίθριων πρέπει, βάσει σχετικής απόφασης του ΣτΕ, να διατεθεί για αστικές αναπλάσεις και διατήρηση περιβαλλοντικού ισοζυγίου, η νέα ρύθμιση δημιουργεί και σοβαρά ερωτήματα για τη νομιμότητά της. Με τη ρύθμιση δίνεται ένα πρόωρο τέλος στο Πράσινο Ταμείο».