Σε δύο κτίρια τελικά και όχι σε τρία, όπως αρχικά προβλεπόταν, θα επεκταθεί το

αρχαιολογικό μουσείο Ηρακλείου, το κατ’ εξοχήν μουσείο του μινωικού

πολιτισμού, το οποίο σήμερα διαθέτει είκοσι συνολικά αίθουσες. Αιτία για την

αλλαγή των σχεδίων του αρχιτέκτονα Αλέξανδρου Τομπάζη, που είχαν εγκριθεί ήδη

από το 1998, είναι η αποκάλυψη των ερειπίων της μονής του Αγίου Φραγκίσκου,

ενός βυζαντινού μνημείου, σημαντικού για την ιστορία του Χάνδακα.

Αν και η γεωμαγνητική διασκόπηση που είχε προηγηθεί για να διερευνηθεί αν

υπήρχαν αρχαία δεν είχε δώσει σοβαρές ενδείξεις, κατά τη διάρκεια των εργασιών

αποκαλύφθηκε τελικά μία από τις φάσεις του μεγαλοπρεπούς καθολικού μοναστηριού

που καταστράφηκε από σεισμό το 1856.

Συνέπεια της απόφασης να μη χτιστεί το τρίτο κτίριο είναι η κατάργηση

κατασκευής αίθουσας πολλαπλών χρήσεων, όπως και η μεταφορά των χρήσεων που θα

φιλοξενούσε στα άλλα δύο κτίρια. Όσο για τα αρχαιολογικά κατάλοιπα,

προβλέπεται να ενταχθούν στον περιβάλλοντα χώρο του μουσείου.