Η επιτροπή «Φύση 2000», που συγκροτήθηκε με απόφαση του υπουργού Περιβάλλοντος Κωστή Χατζηδάκη, αποτελεί το κεντρικό επιστημονικό γνωμοδοτικό όργανο του κράτους για τον συντονισμό, την παρακολούθηση και αξιολόγηση των πολιτών και μέτρων προστασίας της ελληνικής βιοποικιλότητας. Η θητεία της διαρκεί τρία χρόνια και σε αυτό το διάστημα θα γνωμοδοτήσει επί των σχεδίων διαχείρισης και των προεδρικών διαταγμάτων που θα καθορίσουν τις χρήσεις γης και δραστηριότητες στις περιοχές Natura 2000. Πρόεδρος της Επιτροπής ορίζεται ο Παναγιώτης Δημόπουλος, καθηγητής Βοτανικής και Οικολογίας στο Πανεπιστήμιο Πατρών, και αναπληρώτρια πρόεδρος η Μαρία Στουμπούδη, διευθύντρια Ερευνών στο Ελληνικό Κέντρο Θαλασσίων Ερευνών.