Η σύνθετη πολλές φορές κοινοτική νομοθεσία, η χαλαρή επίβλεψη και συχνά ο εφησυχασμός στην εφαρμογή κανόνων και κανονισμών καθιστούν αρκετούς θεσμούς της Ευρωπαϊκής Ενωσης ευάλωτους στη διαφθορά, σύμφωνα με τη μη κυβερνητική οργάνωση Διεθνής Διαφάνεια (Transparency International).
Η ειδική έκθεση που έκανε η οργάνωση για την ΕΕ είναι, σύμφωνα με τη Διεθνή Διαφάνεια, η πρώτη αναλυτική μελέτη για το πώς η Ευρωπαϊκή Επιτροπή, το Ευρωπαϊκό Κοινοβούλιο και άλλοι θεσμοί της ΕΕ προσπαθούν να εφαρμόσουν πρότυπα ακεραιότητας, διαφάνειας και ανάληψης ευθύνης.
Οπως αναφέρει η οργάνωση, στο σύστημα της ΕΕ «υπάρχουν καλά θεμέλια για να υποστηρίζονται η ηθική και η ακεραιότητα». Τα θεμέλια όμως συχνά υπονομεύονται από αδυναμία διάθεσης επαρκούς προσωπικού, από κακές πρακτικές και από ασάφεια ως προς το για το ποιους ακριβώς ισχύουν οι κανόνες όπως προστίθεται.
Η Διεθνής Διαφάνεια εντόπισε συγκεκριμένες περιπτώσεις που απαιτούν αντιμετώπιση. Από την έρευνα διαπιστώθηκε, μεταξύ των άλλων, ότι συχνά γίνονται «τριμερείς» όπως ονομάζονται συναντήσεις όπου εξετάζονται σημαντικές λεπτομέρειες που θα περάσουν στην κοινοτική νομοθεσία, αλλά δεν δημοσιοποιούνται πρακτικά για το ποιοι ακριβώς παραβρέθηκαν και τι ακριβώς αποφασίστηκε.
Στην έκθεση αναφέρεται επίσης ότι σήμερα στις Βρυξέλλες υπάρχουν τουλάχιστον 15.000 λομπίστες, χωρίς όμως να επιβάλλονται συγκεκριμένοι κανόνες για τις επαφές που αυτοί έχουν με αξιωματούχους της Ευρωπαϊκής Ενωσης. Επιπλέον διαπιστώθηκε ότι πολλές φορές επίσημες επιτροπές που έχουν συσταθεί για να παρακολουθούν την τήρηση ηθικών και άλλων κανόνων δεν είναι ανεξάρτητες. Στην έκθεση αναφέρεται ότι δεν υπάρχουν στοιχεία ότι γίνονται συχνοί έλεγχοι για πιθανές συγκρούσεις συμφερόντων ή φαινόμενα παράνομου πλουτισμού από επιτρόπους της ΕΕ και μέλη του Ευρωπαϊκού Κοινοβουλίου. Μάλιστα ένας από τους βασικότερους θεσμούς της Ευρωπαϊκής Ενωσης, το Ευρωκοινοβούλιο, αρνήθηκε να συνεργαστεί με τους συντάκτες της έκθεσης στο πλαίσιο της εκπόνησής της. Η «έκθεση ακεραιότητας» όπως ονομάζεται από τη Διεθνή Διαφάνεια η μελέτη, παρουσιάστηκε ύστερα από έρευνες εννέα μηνών.
Η Διεθνής Διαφάνεια έδωσε στη δημοσιότητα και μία σειρά από ενδεικτικούς αριθμούς και ποσά που αφορούν τα κεφάλαια που διαχειρίζεται και το προσωπικό που απασχολούν η Κομισιόν, το Ευρωπαϊκό Κοινοβούλιο και άλλοι θεσμοί της ΕΕ. Σε αυτά περιλαμβάνονται, μεταξύ των άλλων, γενικά στοιχεία προϋπολογισμών και αριθμός εργαζομένων (πίνακας-γράφημα).
Μετά τη δημοσιοποίηση της έκθεσης ο εκπρόσωπος της Κομισιόν Αντόνιο Γκραβίλι ανέφερε ότι η ΕΕ αντιμετωπίζει με πολύ μεγάλη σοβαρότητα θέματα ηθικής και διαφάνειας. Παραδέχθηκε πάντως ότι «δεν μπορεί να εξαλειφθεί εντελώς» ο κίνδυνος να γίνουν λάθη ή να υπάρξουν φαινόμενα διαφθοράς, όπως μετέδωσε το Ασοσιέιτεντ Πρες. Προσέθεσε μάλιστα ότι η Κομισιόν λαμβάνει όλα τα απαραίτητα μέτρα για να διασφαλίσει ότι υπάρχει και εφαρμόζεται πλήρης σειρά μέτρων για να μειωθεί αυτός ο κίνδυνος στο ελάχιστο.