Ελεγχο σε όλες τις ανεξάρτητες Αρχές διενεργεί το υπουργείο Οικονομικών για να διαπιστωθεί αν εφαρμόζουν το ενιαίο μισθολόγιο. Πρόκειται για ελέγχους που πραγματοποιούνται ύστερα από τις αποκαλύψεις ότι φορείς του Δημοσίου δεν εφαρμόζουν το ενιαίο μισθολόγιο, καταβάλλοντας υψηλότερους μισθούς στους υπαλλήλους τους από αυτούς που προβλέπονται σε αυτό.
Η λίστα με τις Αρχές που ελέγχονται από τη Γενική Διεύθυνση Δημοσιονομικών Ελέγχων κατατέθηκε στη Βουλή από τον αναπληρωτή υπουργό Οικονομικών Χρήστο Σταϊκούρα έπειτα από ερώτηση του βουλευτή της ΝΔ Ανδρέα Ψυχάρη, με την οποία καλούσε τον υπουργό Οικονομικών να ενημερώσει ποια υπουργεία και υπηρεσίες δεν έχουν εφαρμόσει ή εφάρμοσαν επιλεκτικά το ενιαίο μισθολόγιο. Αντίστοιχη ερώτηση είχαν απευθύνει στο υπουργείο και 20 ακόμη βουλευτές της ΝΔ, με επικεφαλής την Ασημίνα Σκόνδρα, ζητώντας να μάθουν και ποιες θα είναι οι κυρώσεις που θα επιβληθούν.
Σύμφωνα με τον κ. Σταϊκούρα, για τους φορείς διενεργείται ήδη έρευνα όσον αφορά την ορθή και ομοιόμορφη εφαρμογή των μισθολογικών διατάξεων από την αρμόδια 22η Διεύθυνση Μισθολογίου του Γενικού Λογιστηρίου του Κράτους.
Σε περίπτωση που από την έρευνα προκύψουν σχετικά ευρήματα, θα εξεταστεί από την Επιτροπή Συντονισμού Ελέγχων, αρμοδίως, η διενέργεια ελέγχου στους μη συμμορφούμενους με τις διατάξεις φορείς.
Στη Γενική Διεύθυνση Δημοσιονομικών Ελέγχων έχουν διενεργηθεί επίσης δύο σχετικοί έλεγχοι (στα Ελληνικά Αμυντικά Συστήματα ΑΕ και τον Οργανισμό Βιομηχανικής Ιδιοκτησίας), τα πορίσματα των οποίων μετά την οριστικοποίησή τους θα διαβιβαστούν αρμοδίως.
Ο αναπληρωτής υπουργός Οικονομικών αναφέρει επίσης ότι οι έλεγχοι που έγιναν το 2013 στις αποδοχές και τις πρόσθετες αμοιβές του Δημοσίου, των ΝΠΔΔ, των ΟΤΑ και των ΝΠΙΔ που επιχορηγούνται από τον κρατικό προϋπολογισμό, απέφεραν θετικά οικονομικά αποτελέσματα. Εκτός από το οικονομικό αποτέλεσμα που προκύπτει από την αναζήτηση των αχρεωστήτως καταβληθέντων ποσών, σημαντικό αποτέλεσμα έχει και η διακοπή των μη σύννομων πληρωμών, η οποία μειώνει τη δαπάνη του κρατικού προϋπολογισμού των οικείων ΟΤΑ και λοιπών ΝΠΔΔ. Ενημερώνει τέλος για την απόφαση του υπουργείου Οικονομικών να προχωρήσει το 2014 στην τακτική συλλογή και επεξεργασία μισθολογικών δεδομένων από όλους τους φορείς του Δημοσίου και την παρακολούθηση της εξέλιξης των αντίστοιχων μισθολογικών δαπανών.