Η πρωτεϊνική δίαιτα που έχει το όνομά του τον έκανε διάσημο κυρίως στους σελέμπριτι που εμπιστεύτηκαν στον Πιερ Ντουκάν τη σιλουέτα τους, αλλά και σε εκατομμύρια «κοινούς θνητούς» που ισχυρίζονται ότι είδαν τα περιττά τους κιλά να εξαφανίζονται ακολουθώντας τη μέθοδό του. Δεν είναι όμως λίγοι από τον χώρο της ιατρικής που αμφισβητούν την αξιοπιστία της δίαιτας Ντουκάν, επισημαίνοντας ότι αποκλείει πολλές ομάδες τροφίμων για μεγάλο χρονικό διάστημα και συνεπώς είναι επικίνδυνη για την υγεία. Πρόσφατο «πλήγμα» για τον δρα Ντουκάν η κατηγορία από το Εθνικό Ιατρικό Συμβούλιο της Γαλλίας ότι παραβίασε την ιατρική δεοντολογία και ηθική με τη συνταγογράφηση του αμφιλεγόμενου φαρμάκου Mediator. Επίσης, πέρυσι είχε προκαλέσει θύελλα αντιδράσεων στη Γαλλία όταν πρότεινε την πριμοδότηση στη βαθμολογία μαθητών Λυκείου που έχαναν κιλά ή παρέμεναν αδύνατοι, κάτι που ο ίδιος ισχυριζόταν ότι έκανε για την καταπολέμηση της παιδικής παχυσαρκίας.