Σε συμψηφισμό των προστίμων που έχουν ήδη επιβληθεί με το κόστος τακτοποίησης προσανατολίζεται το υπουργείο Περιβάλλοντος για τα αυθαίρετα που θα ενταχθούν στη νέα ρύθμιση. Την ίδια ώρα αφήνει ανοιχτό το ενδεχόμενο να υπάρξουν αλλαγές στον νέο τρόπο υπολογισμού των προστίμων. Γι’ αυτό το θέμα έχει συστηθεί ομάδα εργασίας και σύντομα αναμένονται ανακοινώσεις.
Σύμφωνα με πηγές του ΥΠΕΚΑ, τα νέα πρόστιμα που προβλέπονται από τις ρυθμίσεις για την τακτοποίηση των αυθαιρέτων είναι πολύ μικρότερα σε σχέση με αυτά που ισχύουν μετά το 2003 και υψηλότερα από 20% έως 30% σε σχέση με τα πρόστιμα για την τακτοποίηση των ημιυπαίθριων.
Στο ερώτημα τι γίνεται με τους ιδιοκτήτες αυθαιρέτων που έχουν ενταχθεί σε παλαιότερη ρύθμιση, από το ΥΠΕΚΑ ξεκαθαρίζουν ότι όλα τα προ τού 1955 κτίρια θεωρούνται νομίμως υφιστάμενα. Τώρα, όσοι έχουν ενταχθεί στη ρύθμιση Τρίτση και υπέβαλαν αίτηση και στις δύο φάσεις δεν έχουν λόγο να υπαχθούν στη νέα ρύθμιση, αφού είναι κατά κανόνα καταγεγραμμένοι από τα πολεοδομικά γραφεία.
Τα αυθαίρετα μετά το 1955 και προ του 1983 που δεν εντάχθηκαν στη ρύθμιση Τρίτση πρέπει να ενταχθούν στις νέες ρυθμίσεις. Επίσης εφόσον προκύπτει από την περιουσιακή κατάσταση τού ιδιοκτήτη (Ε9) ότι ανήκουν σε αυτό το χρονικό διάστημα, τότε το πρόστιμο μειώνεται σημαντικά. Εάν κάποιος ιδιοκτήτης πληρώνει ήδη πρόστιμα γιατί έχει κριθεί αυθαίρετος, εντάσσεται στη νέα ρύθμιση και σταματά να πληρώνει το παλιό. Τα καταβληθέντα συνήθως δεν αναζητούνται, ωστόσο, όπως επισημαίνουν από το ΥΠΕΚΑ, λόγω του υπερβολικού ύψους αυτών των προστίμων θα διευκρινιστεί αν θα συμψηφίζονται με τα νέα.
Με τις νέες ρυθμίσεις προβλέπεται ακόμη ότι με απλή άδεια κατεδάφισης θα μπορούν τα αυθαίρετα να κατεδαφίζονται και στη συνέχεια θα ελέγχονται με τη διαδικασία ταυτότητας τού κτιρίου που ήδη προβλέπει ο νόμος. Επίσης, όπως λένε από το ΥΠΕΚΑ, η ηλεκτρονική ταυτότητα του κτιρίου καθώς και η απαίτηση για υποβολή εξαρτημένου τοπογραφικού θα οδηγούν στον ηλεκτρονικό εντοπισμό του και αυτόματα θα εντοπίζεται ως αυθαίρετο με την κύρωση των δασικών χαρτών.