Αντίσταση κατά της χούντας από τη Μητρόπολη Γερμανίας

Ο Ειρηναίος ήταν ήδη σε προχωρημένη ηλικία όταν ανέλαβε τη Μητρόπολη Γερμανίας τον Φεβρουάριο του 1972, αφήνοντας τη Μητρόπολη Κισσάμου και Σελίνου – όπως φημολογείται, κατόπιν υποδείξεων της στρατιωτικής κυβέρνησης της χούντας να εγκαταλείψει την Κρήτη. Αλλά και στη Γερμανία τα έβαλε με τη χούντα των συνταγματαρχών.

Την εποχή εκείνη το Ελληνικό Πρόγραμμα του Μονάχου της Βαυαρικής Ραδιοφωνίας που μεταδιδόταν σε ολόκληρη τη Γερμανία είχε καταργήσει το εβδομαδιαίο, πεντάλεπτο «κήρυγμα» του Σαββάτου. Η νεαρή τότε δημοσιογράφος Ελένη Τορόση θυμάται το τηλεφώνημα του Ειρηναίου στον διευθυντή του προγράμματος Κώστα Μπακογιάννη. «Λυπάμαι σεβασμιότατε, αλλά καταργήσαμε το κήρυγμα», του είπε ο Μπακογιάννης που είχε δώσει στο πρόγραμμα αντιδικτατορικό χαρακτήρα, ενώ η Ορθόδοξη Εκκλησία συνέπλεε με το καθεστώς. «Ακου το δικό μου κήρυγμα και μετά, αν θέλεις, μην το μεταδίδεις», του είπε ο Ειρηναίος. Ετσι, το «κήρυγμα» του Σαββάτου παρέμεινε μέχρι το 2003, οπότε έκλεισε το πρόγραμμα. Ο Κώστας Πετρογιάννης που ανέλαβε στη συνέχεια τη διεύθυνση του Ελληνικού Προγράμματος τον θυμάται ως πρόσωπο ιδιαίτερα δραστήριο. «Ηταν πανταχού παρών», λέει, «ήταν μία προσωπικότητα με ειδικό βάρος, ειλικρινής και ουσιαστικός. Και χωρίς να ενδιαφέρεται για τις δημόσιες σχέσεις, ήταν ιδιαίτερα αποδεκτός από τους Γερμανούς».

Στη Γερμανία ο Ειρηναίος χρειάστηκε να συγκρουστεί και με άλλους παράγοντες που με τις πλάτες του χουντικού καθεστώτος σφετερίζονταν και την εκκλησιαστική περιουσία στη Γερμανία. Στις περιπτώσεις αυτές ανήκει ο ιστορικός ναός του Σωτήρος Σαλβάτορκιρχε του Μονάχου. Είναι ο μεσαιωνικός γοτθικός ναός που είχε δωρίσει ο πατέρας του Οθωνα, ο βαυαρός βασιλιάς Λουδοβίκος Α’, στην πρώτη ελληνική κοινότητα που δημιουργήθηκε κυρίως από τα παιδιά των ελλήνων οπλαρχηγών που είχε φέρει για εκπαίδευση στο Μόναχο. Ο ναός πέρασε στα χέρια εξωεκκλησιαστικών κύκλων, οι οποίοι προσπορίζονταν και έσοδα από τον εκκλησιαστικό φόρο που αποδίδουν οι γερμανικές φορολογικές υπηρεσίες στις εκκλησίες. Αυτό τερματίστηκε το 1974 όταν η Ορθόδοξη Μητρόπολη Γερμανίας αναγνωρίστηκε ως Νομικό Πρόσωπο Δημοσίου Δικαίου, για να είναι σήμερα η Ορθόδοξη Εκκλησία η τρίτη αναγνωρισμένη εκκλησία στη Γερμανία. Ο ναός του Σωτήρος  έπειτα από δικαστικό αγώνα δεκαετιών πέρασε επίσης στη Μητρόπολη Γερμανίας. Ηταν αποτέλεσμα των προσπαθειών που έκανε ο Ειρηναίος με στενό βοηθό και συνεργάτη τον τότε επίσκοπο Ελαίας Αυγουστίνο, που τον διαδέχθηκε στη Μητρόπολη Γερμανίας.