Ο Γιάννης Ιωαννίδης γεννήθηκε το 1965 στη Νέα Υόρκη, αλλά μεγάλωσε στην Αθήνα. Αποφοίτησε από το Κολλέγιο Αθηνών και σπούδασε στην Ιατρική Σχολή του Πανεπιστημίου Αθηνών, όπου ειδικεύτηκε στη μικροβιολογία. Εως το 2010 δίδασκε συστηματικά ως καθηγητής στην Ιατρική Σχολή του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων στο Τμήμα Επιδημιολογίας. Εγινε διεθνώς γνωστός το 2005 με την «αιρετική» εργασία του «Γιατί τα ευρήματα των περισσότερων δημοσιευμένων επιστημονικών ερευνών είναι αναληθή». Εκανε ειδικότητα στα Πανεπιστήμια Χάρβαρντ και Ταφτς, στην παθολογία και τα λοιμώδη νοσήματα, ενώ στο πρώτο δίδαξε και ως καθηγητής. Η ερευνητική του προσέγγιση γίνεται υπό το πρίσμα της μοριακής βιολογίας και της γονιδιωματικής και όχι σε έλεγχο συμπτωμάτων ασθενών κ.λπ.

Ο Γιάννης Ιωαννίδης είναι καθηγητής Προληπτικής Ιατρικής στο Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων και στο Πανεπιστήμιο Στάνφορντ