Το κουβάρι της υπόθεσης που κατέληξε στην άσκηση της ποινικής δίωξης εναντίον του Γιάννη Καπελέρη άρχισαν να ξετυλίγουν οι εισαγγελείς του Οικονομικού Εγκλήματος.

Η αρχή έγινε από δημοσίευμα της εφημερίδας «Καθημερινή», που αφορούσε τις συνθήκες παραίτησης του πρώην γενικού γραμματέα Πληροφορικών Συστημάτων Διομήδη Σπινέλλη.

Ο εισαγγελέας Οικονομικού Εγκλήματος Γρηγόρης Πεπόνης έδωσε εντολή για τη διενέργεια προκαταρκτικής εξέτασης, την οποία ανέθεσε στον αναπληρωτή του Σπύρο Μουζακίτη. Σύμφωνα με το δημοσίευμα, η παραίτηση Σπινέλλη φέρεται να έχει άμεση σχέση με την καθυστέρηση ή την άρνηση είσπραξης προστίμων από λαθρεμπόριο καυσίμων.

Τα πρόστιμα αυτά, όπως προέκυψε από τα στοιχεία της δικογραφίας, ανέρχονται σε τουλάχιστον 15 εκατ. ευρώ. Ακολούθησε η εξέταση μαρτύρων από τον χώρο του υπουργείου Οικονομικών και στις 21 Νοεμβρίου 2011 ο εισαγγελέας κάλεσε με την ιδιότητα του υπόπτου τον Γιάννη Καπελέρη, ο οποίος εξεταζόμενος αποποιήθηκε οποιαδήποτε ποινική ευθύνη.