Απορριπτικές ήταν και οι νέες αποφάσεις του Συμβουλίου της Επικρατείας για προσφυγές που είχαν κατατεθεί κατά της συμφωνίας των Πρεσπών.

Παρότι εκκρεμεί η απόφαση επί των αιτήσεων ακύρωσης που έχουν κατατεθεί για το θέμα, η Ολομέλεια του Ανωτάτου Ακυρωτικού Δικαστηρίου έκρινε πως δεν μπορεί να ελέγξει τις σχετικές προσφυγές Συλλόγων κλπ που αφορούν τη συμφωνία των Πρεσπών καθώς πρόκειται για κυβερνητικές αποφάσεις «μη υποκείμενες στον έλεγχο του ΣτΕ». Και δεν μπορούν να ελεγχθούν, καθώς «συνιστούν καθεαυτές πράξεις διαχειρίσεως της πολιτικής εξουσίας στον τομέα της εξωτερικής πολιτικής και συνδέονται ευθέως με τη διαχείριση των διεθνών σχέσεων της χώρας». Στην περίπτωση μόνο που έχουν επιπτώσεις στα συνταγματικά ατομικά ή πολιτικά δικαιώματα, μπορούν να εγείρουν αγωγές, προσφυγές στα δικαστήρια.