Εκλογές για το ΚΚΕ δεν γίνονται χωρίς τη συμμετοχή του Θανάση Παφίλη, καθώς έχει δώσει τη μάχη για το κόμμα από όλα τα μέτωπα. Υπήρξε βουλευτής Φθιώτιδας του ΚΚΕ στο διάστημα 1989-1993, ήταν ευρωβουλευτής του κόμματος την περίοδο 2004-2009, ενώ στη συνέχεια στις εκλογές του 2009 συμμετείχε στην Α’ Αθήνας όπου και εξελέγη βουλευτής. Στις τελευταίες εκλογές του 2012 ηγήθηκε μάλιστα του ψηφοδελτίου Επικρατείας. Επιλογή για το ΚΚΕ υπήρξε και σε αναμετρήσεις της Αυτοδιοίκησης. Το 2002 χρίστηκε υποψήφιος νομάρχης Αθηνών, ενώ στις προηγούμενες εκλογές για την Περιφέρεια Αττικής όπου συγκέντρωσε 14,44%.

Ανθρωπος πάντα στρατευμένος στο πλευρό της ηγεσίας, ο πρώην κοινοβουλευτικός εκπρόσωπος του ΚΚΕ έχει αναλάβει κατ’ επανάληψη να υπερασπιστεί τις κυρίαρχες κομματικές πολιτικές. Ωστόσο, είναι από τα στελέχη που έχει κατορθώσει να διαθέτει συνομιλητές από άλλους χώρους, εξαιτίας του ανοικτού του πνεύματος που του επιτρέπει να τείνει ευήκοα ώτα σε άλλες απόψεις.

Από τα παλαιότερα μέλη της Κεντρικής Επιτροπής –εκλέγεται από το 1991 –το όνομά του είχε ακουστεί και κατά τις συζητήσεις για τη διάδοχή της Αλέκας Παπαρήγα στην ηγεσία του κόμματος. Με νομικές σπουδές, ο Θανάσης Παφίλης είχε από νωρίς ενταχθεί στους κόλπους της ΚΝΕ και της Αντι-ΕΦΕΕ την περίοδο της δικτατορίας, ενώ συμμετείχε ενεργά και στο φιλειρηνικό κίνημα.

Διετέλεσε μάλιστα γενικός γραμματέας της Ελληνικής Επιτροπής για τη Διεθνή Υφεση και Ειρήνη και γενικός γραμματέας του Παγκόσμιου Συμβουλίου Ειρήνης από το 2000, ενώ συμμετείχε και στην Επιτροπή Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων του ΟΗΕ. «Εμείς θέλουμε να σπάσει η κοινωνική πόλωση που υπάρχει στους εργαζόμενους και να ενωθούν σε ταξική βάση» δήλωνε πρόσφατα, αποκηρύσσοντας το ενδεχόμενο των όποιων συνεργασιών. «Η συνταγή του παρελθόντος να κάνουμε συνεργασίες με μερικά τμήματα της Αριστεράς που άλλες φορές εξέφραζαν κι άλλες όχι και τίποτα κοινωνικό, δεν περπατάει» σχολίαζε.