

Υπερασπίστηκε το δικαίωμά του ως πολίτης και ως εισαγγελικός λειτουργός να εκφράζει ελεύθερα τις απόψεις του, αψηφώντας τον κίνδυνο να βρεθεί ακόμα και πειθαρχικά ελεγχόμενος, όπως συνέβη το 2008, με αφορμή συνέντευξή του στα «ΝΕΑ». Ο εισαγγελέας Εφετών Σωτήρης Μπάγιας ποτέ δεν μάσησε τα λόγια του και πάντα σεβόταν τον θεσμικό, αλλά και τον συνδικαλιστικό του ρόλο, καθώς για χρόνια κράτησε το τιμόνι της Ενωσης Εισαγγελέων Ελλάδος.
Η είδηση του θανάτου του το βράδυ της περασμένης Κυριακής ξάφνιασε τον δικαστικό και νομικό κόσμο. Είναι αλήθεια πως ακόμα και όσοι γνώριζαν ότι είχε αιφνιδίως εισαχθεί στο νοσοκομείο με σπάνια ίωση εξεπλάγησαν όταν άκουσαν ότι «ο Σωτήρης πέθανε». Στον χώρο των δικαστηρίων εξάλλου αρκούσε η αναφορά του μικρού του ονόματος για να τον προσδιορίσει.
Ο Σωτήρης Μπάγιας ήταν μειλίχιος και ήρεμος από τα φοιτητικά του χρόνια, όπως τον περιγράφουν παλαιότεροι συμφοιτητές του, πολλοί από τους οποίους είναι σήμερα γνωστοί δικηγόροι και άλλοι δικαστές. Με αυτή την απλή «συνταγή» κινήθηκε και κατά τη διάρκεια της θητείας του ως προϊστάμενος της Εισαγγελίας Πρωτοδικών Αθηνών. Θέση για την οποία τον επέλεξαν οι συνάδελφοί του. Οι ίδιοι δηλαδή άνθρωποι που τον ανέδειξαν και στην προεδρία της Ενωσης Εισαγγελέων Ελλάδος.
Στα χρόνια που έμεινε στην καρέκλα του προϊσταμένου της μεγαλύτερης Εισαγγελίας της χώρας η τύχη το έφερε να ασχοληθεί με μια σειρά από σοβαρές ποινικές υποθέσεις. Το καλοκαίρι του 2002, με τις συλλήψεις για την υπόθεση της 17 Νοέμβρη, το κτίριο 16 των δικαστηρίων της Ευελπίδων, όπου στεγάζεται η Εισαγγελία, μετατρέπεται σε σημείο αναφοράς για όλα τα δελτία ειδήσεων και τις εφημερίδες.
Η διαχείριση της σοβαρής αυτής υπόθεσης, όπως και η έρευνα που έγινε επί των ημερών του για την υπόθεση των εκβιασμών εις βάρος γνωστών επιχειρηματικών οικογενειών της χώρας, με πρωταγωνιστή τον εκδότη της εφημερίδας «Ελεύθερη Ωρα» Γρηγόρη Μιχαλόπουλο, είναι δύο δικογραφίες που σφράγισαν το πέρασμά του από την Εισαγγελία.
Ωστόσο και τις πιο απλές υποθέσεις που δεν συγκέντρωναν τα φώτα της δημοσιότητας τις αντιμετώπιζε πάντα με την ίδια προσοχή, ενώ το γραφείο του ήταν ανοιχτό για τους πολίτες, τους δικηγόρους και τους δημοσιογράφους. Ετσι, πέρα από πρόσωπα και χωρίς ποτέ να παραβιάζει τη θεμελιώδη αρχή της μυστικότητας, ήταν σε θέση να συνδράμει τους δικαστικούς συντάκτες ώστε οι ειδήσεις που έβγαιναν προς τα έξω να μην ήταν ούτε διογκωμένες ούτε διαστρεβλωμένες. Γεγονός που δεν εξυπηρετούσε μόνο τον Τύπο αλλά και το κράτος δικαίου, το οποίο ο ίδιος πιστά υπηρέτησε όλα τα χρόνια της καριέρας του, που άρχισε τον Ιούνιο του 1983.
Πιστός στις αρχές του αυτές δεν μάσησε τα λόγια του στη συνέντευξη που έδωσε το 2008 στα «ΝΕΑ», ασκώντας κριτική στο Ανώτατο Δικαστικό Συμβούλιο, στο οποίο απέδωσε τότε την καλλιέργεια κλίματος ανασφάλειας στις τάξεις των δικαστικών λειτουργών, λόγω των κατά καιρούς άδικων και αναιτιολόγητων κρίσεών του σε ζητήματα προαγωγών, αποσπάσεων και μεταθέσεων. Το αποτέλεσμα; Να βρεθεί πειθαρχικά ελεγχόμενος με εντολή του τότε εισαγγελέα του Αρείου Πάγου. Κίνηση που προκάλεσε θύελλα αντιδράσεων και κύμα συμπαράστασης στο πρόσωπο του εισαγγελέα Μπάγια από ανθρώπους και φορείς εντός και εκτός Δικαιοσύνης. Οι αρεοπαγίτες που τον έκριναν δεν χρειάστηκε βέβαια να λύσουν κανέναν γόρδιο νομικό δεσμό. Μέσα σε λιγότερο από μία ώρα είχαν ομόφωνα αποφασίσει την απαλλαγή του. Ο εισαγγελικός λειτουργός νωρίτερα είχε ανοίξει όλα τα χαρτιά του ενώπιον των αρεοπαγιτών υπεραμυνόμενος του αυτονόητου, αλλά και συνταγματικά κατοχυρωμένου δικαιώματός του να εκφράζει ελεύθερα τις απόψεις του. «Είναι κατοχυρωμένο δικαίωμά μου από διεθνείς και από ευρωπαϊκές συμβάσεις, αλλά και από το ίδιο το Σύνταγμα της πατρίδας μου» είχε πει απευθυνόμενος στους ανώτατους δικαστές.
Κριτική στάση κράτησε ως πρόεδρος της Ενωσης Εισαγγελέων και τον Απρίλιο του 2009 στην κίνηση του εισαγγελέα του Αρείου Πάγου Γιώργου Σανιδά να μην αποστείλει στη Βουλή τη δικογραφία για την υπόθεση της Μονής Βατοπεδίου. Ο εκλιπών εισαγγελικός λειτουργός είχε χαρακτηρίσει την κίνηση Σανιδά «θεσμική παρέκκλιση». «Ο εισαγγελέας του Αρείου Πάγου δεν είναι γενικός εισαγγελέας, άρα δεν δικαιούται να υποκαθιστά και να αντιποιείται τον ρόλο και τις αρμοδιότητες οποιουδήποτε άλλου εισαγγελέα, πολύ δε περισσότερο να υποκαθιστά την κρίση και τη συνείδηση κάθε αρμόδιου εισαγγελέα για συγκεκριμένη υπόθεση» είχε πει μετά τον σάλο που ξέσπασε οδηγώντας σε παραιτήσεις δύο εισαγγελέων από το Σώμα (Ηλία Κολιούση και Ελένης Σωτηροπούλου).
Τελευταία μεγάλη δίκη όπου βρέθηκε στην έδρα ήταν σε μία από τις υποθέσεις με 17 κατηγορουμένους για συμμετοχή στην οργάνωση Συνωμοσία Πυρήνων της Φωτιάς, όπου για τους εννέα εξ αυτών ο Σωτήρης Μπάγιας δέχθηκε την ένσταση εκκρεμοδικίας των κατηγορουμένων, ανατρέποντας την πάγια τακτική των διωκτικών Αρχών να προσθέτουν σε κάθε σύλληψη και σε κάθε πράξη τη συμμετοχή στην εγκληματική οργάνωση. Ο Σωτήρης Μπάγιας, ο οποίος ήταν παντρεμένος με την εισαγγελέα Ευγενία Παπαγεωργίου, όπως λένε συνάδελφοί του άφησε το στίγμα του στον εισαγγελικό κλάδο και την παρακαταθήκη του προσωπικού του παραδείγματος. Ο υπουργός Δικαιοσύνης Νίκος Παρασκευόπουλος δήλωσε ότι «ο πρόωρος θάνατός του αποτελεί μία σοβαρή απώλεια όχι μόνο για τη Δικαιοσύνη, αλλά και για το κράτος δικαίου».