Ξεφλουδίζουμε τα κρεμμύδια και κόβουμε τη βάση τους ώστε να κάθονται στο ταψί. Κόβουμε επίσης 2 εκ. από την κορυφή τους και με ένα κουταλάκι αδειάζουμε το εσωτερικό τους έτσι ώστε να μείνουν τα δύο εξωτερικά φύλλα. Αν δημιουργηθεί μια τρύπα στον πάτο την καλύπτουμε με ένα φύλλο από αυτά που αφαιρέσαμε. Τα τοποθετούμε σε μια λαμαρίνα πάνω σε ένα μεγάλο φύλλο αντικολλητικό χαρτί, αλατοπιπερώνουμε, ραντίζουμε με λίγο λάδι, προσθέτουμε 2 κ.τ.σ. νερό, σηκώνουμε τα πλαϊνά του χαρτιού και κλείνουμε καλά. Ψήνουμε τα κρεμμύδια περίπου μισή ώρα σε προθερμασμένο φούρνο στους 180ο ώσπου να μαλακώσουν.
Πλένουμε το σπανάκι, το ψιλοκόβουμε και το σοτάρουμε σε μια κατσαρόλα ώσπου να εξατμιστούν τα υγρά. Ψιλοκόβουμε τα κρεμμύδια που έχουμε αφαιρέσει και τα σοτάρουμε με λίγο λάδι ώσπου να ξανθύνουν. Ετοιμάζουμε τη γέμιση. Σε μια λεκάνη βάζουμε το σπανάκι, δύο κ.τ.σ. κρεμμύδι, το ανθότυρο που έχουμε στο μεταξύ λειώσει με ένα πιρούνι, τον χυμό και το ξύσμα του λεμονιού, αλατοπιπερώνουμε και ανακατεύουμε καλά. Με ένα κουτάλι γεμίζουμε τα κρεμμύδια και τα τοποθετούμε το ένα δίπλα στο άλλο σε μια λαμαρίνα την οποία έχουμε καλύψει με αντικολλητικό χαρτί. Ρίχνουμε από πάνω κουκουνάρι και τριμμένη φρυγανιά και τα βάζουμε στον φούρνο για περίπου 15 λεπτά ώσπου να ροδίσουν.
Στο μεταξύ ετοιμάζουμε τη σάλτσα ντομάτα. Σε ένα βαθύ τηγάνι προσθέτουμε το ελαιόλαδο, το λειωμένο σκόρδο, τις ντομάτες και τον πελτέ διαλυμένο σε ένα φλιτζάνι χλιαρό νερό. Αφήνουμε τη σάλτσα να σιγοβράσει ώσπου να δέσει και προσθέτουμε τον βασιλικό ψιλοκομμένο. (Αν είναι ξερός τον προσθέτουμε από την αρχή). Σερβίρουμε τα γεμιστά κρεμμύδια με σάλτσα ντομάτα και μια πράσινη σαλάτα.