Σε αλλαγές προχώρησε η Αγία και Ιερά Σύνοδος του Οικουμενικού Πατριαρχείου με τη σημαντικότερη απ’ αυτές να είναι η εκλογή του μέχρι σήμερα μητροπολίτη Γαλλίας Εμμανουήλ στη θέση του έκπτωτου – πλέον – μητροπολίτη Χαλκηδόνος Αθανάσιου. Ο Αθανάσιος κηρύχθηκε έκπτωτος λόγω της απείθειας και ασέβειας που έδειξε προς το πρόσωπο του Οικουμενικού Πατριάρχη Βαρθολομαίου και προς τον θεσμό της Αγίας και Ιεράς Συνόδου, όπως αναφέρει η Σύνοδος. Ο μητροπολίτης Γαλλίας Εμμανουήλ θεωρείται από τους πιο στενούς συνεργάτες του Οικουμενικού Πατριάρχη και είχε έναν άτυπο ρόλο «υπουργού εξωτερικών» του Πατριαρχείου. Στην κενή Μητρόπολη Γαλλίας τοποθετήθηκε προσωρινώς μέχρι την εκλογή νέου μητροπολίτη ο βοηθός επίσκοπος Ρηγίου, Ειρηναίος. Επίσης, ο επίσκοπος Αβύδου Κύριλλος, καθηγητής του Πανεπιστημίου Αθηνών, εξελέγη Μητροπολίτης Κρήνης και διορίστηκε Πατριαρχικός Εξαρχος επικεφαλής της νεοσύστατης Εξαρχίας Μελίτης (Μάλτας).