Οταν εξελέγη για να διαδεχθεί τον Ιωάννη Παύλο Β’, στις 19 Απριλίου 2005, έγινε ο πρώτος γερμανός Πάπας έπειτα από μία χιλιετία.
Οταν υπέβαλε την παραίτησή του, το 2013, επικαλούμενος λόγους υγείας, έγινε ο πρώτος Πάπας ο οποίος προχώρησε σε μια τέτοια κίνηση ύστερα από 600 χρόνια.
Αφότου παραιτήθηκε, επέλεξε να φέρει λευκή αμφίεση και τον τίτλο του «ομότιμου Πάπα» (Papa emeritus). Κατέστη δε το σημείο αναφοράς για τους συντηρητικούς της Καθολικής Εκκλησίας που ήταν αντίθετοι με τον διάδοχό του.
Το σκάνδαλο που ξέσπασε με τα «Vatileaks» το 2012, όταν από τον οικονόμο του Πάολο Γκαμπριέλε διέρρευσαν έγγραφα που αποδείκνυαν τη διαφθορά εντός του Βατικανού, αποτέλεσε καθοριστικό σημείο της θητείας του.
Ο Βενέδικτος πιστώνεται την έναρξη της διαδικασίας που οδήγησε στην καθαίρεση πολλών κληρικών και επισκόπων με παραβατική συμπεριφορά.
