Το έργο της κυβέρνησης αρχίζει στις 23 Αυγούστου 1989 με την παραπομπή του πρώην αναπληρωτή υπουργού Οικονομικών Νίκου Αθανασόπουλου για ηθική αυτουργία σε ψευδείς βεβαιώσεις στην υπόθεση της πώλησης από κρατική εταιρεία στην ΕΟΚ γιουγκοσλαβικού καλαμποκιού ως ελληνικού. Ακολουθεί στις 20 Σεπτεμβρίου η παραπομπή σε δίκη του Ανδρέα Παπανδρέου, του επί ΠΑΣΟΚ διοικητή της ΕΥΠ Κώστα Τσίμα και του διοικητή του ΟΤΕ Θεοφάνη Τόμπρα με την κατηγορία της παράνομης παρακολούθησης τηλεφώνων. Στις 27 Σεπτεμβρίου κλείνει ο κύκλος με την παραπομπή στο Ειδικό Δικαστήριο του πρώην πρωθυπουργού Ανδρέα Παπανδρέου και των πρώην υπουργών Αγαμέμνονα Κουτσόγιωργα, Γιώργου Πέτσου, Δημήτρη Τσοβόλα και Παναγιώτη Ρουμελιώτη για το σκάνδαλο Κοσκωτά.
ΤΗ ΧΡΗΣΙΜΟΠΟΙΗΣΕ. Αφού ολοκληρώθηκε η «κύρια αποστολή» της κυβέρνησης ΝΔ – ΣΥΝ, ο Κ. Μητσοτάκης σε συνέντευξή του χαρακτηρίζει «μεγάλο και τεράστιο κέρδος για την πολιτική μας ζωή «την προσέγγιση της Αριστεράς με την εξουσία» και με τα «πραγματικά προβλήματα». Θα αναγγείλει και το «διαζύγιο». Η ΝΔ δεν μπορεί να συνεργαστεί «επί μονίμου βάσεως» με την Αριστερά. Πίστευε ότι είχε εξουδετερώσει πολιτικά τον Ανδρέα Παπανδρέου και με τη βεβαιότητα ότι στις επόμενες εκλογές θα αποκτούσε την κοινοβουλευτική πλειοψηφία άρχισε τον προεκλογικό αγώνα.
Στην Αριστερά άρχισαν διαφοροποιήσεις ως προς την ορθότητα της απόφασης να συμπράξουν με τη Δεξιά με μόνο στόχο την απαλλαγή από τον Παπανδρέου με «δικαστική απόφαση» και ταυτόχρονα να δώσουν συγχωροχάρτι στη Δεξιά, η οποία από το τέλος του Εμφυλίου είχε γεμίσει φυλακές και ξερονήσια με χιλιάδες στελέχη του ΚΚΕ και αγωνιστές της Αντίστασης. Πολλοί δεν είχαν ξεχάσει τις «δηλώσεις μετανοίας», που τις θυμήθηκε ο Αλέξης Τσίπρας ζητώντας από τον Αντώνη Σαμαρά και τον Βαγγέλη Βενιζέλο να «πάρουν πίσω τις υπογραφές» από τη δανειακή σύμβαση.
Ο Χαρίλαος Φλωράκης θεώρησε επιτυχία την κυβερνητική συγκατοίκηση με τη Δεξιά διότι το ΚΚΕ θα έπαυε να θεωρείται κόμμα «αντεθνικό» και θα μπορούσε να παίζει κεντρικό ρόλο στην πολιτική σκηνή. Αμέσως μετά την έγκριση των τριών παραπομπών του Παπανδρέου και των υπουργών, υπέβαλε την παραίτησή του και στη θέση του γενικού γραμματέα του ΚΚΕ εξελέγη ομόφωνα από την Κεντρική Επιτροπή ο Γρηγόρης Φαράκος. Στην αυτοβιογραφία του («Μαρτυρίες και Στοχασμοί») υποστηρίζει ότι η συγκυβέρνηση με τη ΝΔ «αποτέλεσε σοβαρό πλήγμα στο διχαστικό κλίμα του Εμφυλίου, άλλο αν ο Φλωράκης έσπευσε ν’ αποφανθεί απόλυτα ότι «η Δεξιά άλλαξε». Για την απόφαση παραπομπής γράφει ότι ήταν ομόφωνη, παρά το ότι έγινε «εσπευσμένα» και δεν δικαιολογεί όσους εκ των υστέρων λένε «το κρίμα στο λαιμό τους».
Ο Φαράκος επεχείρησε να αξιοποιήσει την άμβλυνση του «διχαστικού κλίματος» με τη «ριζική ανανέωση – αναγέννηση του ΚΚΕ». Οι «σκληροπυρηνικοί», με παρασκηνιακό πρωταγωνιστή τον Φλωράκη, θα τον ανατρέψουν τον Φεβρουάριο 1991. Την ηγεσία του ΚΚΕ θα αναλάβει η Αλέκα Παπαρήγα. Ο Φαράκος αφηγείται: «Η περί τον Φλωράκη ομάδα δεν είχε απαλλαγεί από το σύνδρομο του ετεροκαθορισμού του ηγέτη του ΚΚΕ. Το ίδιο σύνδρομο αναζωπυρώθηκε όταν αποχώρησα από το ΚΚΕ. Το καλοκαίρι του 1991 οι ίδιοι μηχανισμοί επεδίωξαν συνάντηση της Αλέκας Παπαρήγα με τον Μιχαήλ Γκορμπατσόφ. Το πιο γελοίο όμως στην υπόθεση της συνάντησης εκείνης είναι ότι η Παπαρήγα, προσφέροντας αντίγραφο προτομής αρχαίου αγάλματος, χαιρέτησε τον Γκορμπατσόφ για το «ηράκλειο έργο που έχει αναλάβει». Υστερα από δύο μήνες ακριβώς η Παπαρήγα κατήγγειλε τον Γκορμπατσόφ δημοσία για ”προδότη” και ”αποστάτη”».
Εντονες ήσαν και οι αντιδράσεις στη ΚΝΕ, που πήραν μεγάλη έκταση και δημοσίως στο Φεστιβάλ της Νεολαίας τον Σεπτέμβριο. Με απόφαση της ΚΕ του ΚΚΕ θα καθαιρεθούν 69 μέλη του Κεντρικού Συμβουλίου της ΚΝΕ.
«ΑΝΤΕΠΙΘΕΣΗ». Ο Ανδρέας Παπανδρέου, όταν βγήκε από το νοσοκομείο, άρχισε να οργανώνει την «αντεπίθεση». Συγκρότησε «μετωπική» οργάνωση κορυφής, τη Δημοκρατική Συμπαράταξη από διαφωνούντες ή αποχωρήσαντες από άλλους πολιτικούς χώρους. Από τους πρώτους εντάχθηκαν στη Συμπαράταξη ο Μανώλης Γλέζος, ο Γ.-Α. Μαγκάκης, ο Γιάννης Μπούτος. Επανέκαμψε και ο Γεράσιμος Αρσένης. Αργότερα θα ενταχθεί και ο Αντώνης Μπριλλάκης, ο οποίος τον Οκτώβριο είχε αποχωρήσει με μια ομάδα στελεχών από την ΕΑΡ όπου οι διαφωνίες και αντιδράσεις για την κυβερνητική συνεργασία με τη ΝΔ ήταν περιορισμένες.
– Στις 5 Νοεμβρίου 1989 διεξάγονται νέες εκλογές. Η ΝΔ και το ΠΑΣΟΚ επιτυγχάνουν αύξηση της δύναμής τους, ενώ ο ΣΥΝ σημειώνει απώλειες. Δεν υπάρχει όμως μονοκομματική πλειοψηφία. Συγκροτείται «οικουμενική κυβέρνηση» υπό τον καθηγητή Ξενοφώντα Ζολώτα, στην οποία μετέχουν και τα τρία κόμματα. Τέσσερις μήνες όμως μετά θα την ανατρέψει ο Μητσοτάκης με την ελπίδα να πετύχει κοινοβουλευτική πλειοψηφία. Στις εκλογές όμως της 8ης Απριλίου 1990 εκλέγει 150 βουλευτές και για να κάνει κυβέρνηση παίρνει την ψήφο του μοναδικού βουλευτή της ΔΗΑΝΑ Θόδωρου Κατσίκη. Το σχέδιό του είχε αποτύχει…
