Μέχρι και το σύστημα άλλαξε ο Ντούσαν Μπάγιεβιτς στην ΑΕΚ, εκτός από τις πολλές αλλαγές σε όλα τα θέματα και στη λειτουργία του ποδοσφαιρικού τμήματος. Είναι γνωστό ότι ο 60χρονος τεχνικός επιθυμεί να παίζει κυρίως από τα άκρα, να έχει ποδοσφαιριστές που να μπορούν να πλαγιοκοπήσουν τον αντίπαλο και εφαρμόζει αυτή την τακτική όλα τα χρόνια που προπονεί ομάδες στο ελληνικό πρωτάθλημα. Το σύστημα που εφαρμόζει, είναι εντελώς διαφορετικό από τους δύο προκατόχους του, δηλαδή τον Γιώργο Δώνη και τον Λορέντσο Σέρα Φερέρ, αν και κάποιες φορές και εκείνοι αναγκάστηκαν να παίξουν ένα σύστημα παρόμοιο με αυτό του Σερβοέλληνα τεχνικού.
Ο Φερέρ
Ο Λορέντσο Σέρα Φερέρ είχε αγαπημένο σύστημα το 4-4-2 με κάποιες παραλλαγές. Την περίοδο 2006-07 άρχισε να παίζει και να αναπτύσσει την κλασική μορφή αυτού του συστήματος, με δύο όμως αμυντικούς μέσους. Οι Παουτάσο, Γεωργέας ήταν στα άκρα, κεντρικό αμυντικό δίδυμο οι Τσιρίλο, Δέλλας, αμυντικοί χαφ οι Άκης Ζήκος και Έμερσον και στο κέντρο την τετράδα συμπλήρωναν οι Ζούλιο Σέζαρ με τον Μαντούκα. Επιθετικοί ήταν οι Καμπάνταης και Λυμπερόπουλος. Αυτή η ενδεκάδα έδινε μεγάλη έμφαση στην αναχαίτιση των αντίπαλων μέσων, αφού οι Ζήκος και Έμερσον μάρκαραν ακατάπαυστα, ενώ οι δύο Βραζιλιάνοι στα πλάγια ήταν ιδιαίτερα καλοί τεχνίτες και δημιουργούσαν ρήγματα στις αντίπαλες άμυνες.
Την επόμενη χρονιά (2007-08) η προσθήκη του Ριβάλντο ανάγκασε τον Φερέρ να γυρίσει το σύστημα σε 4-4-2 με σχήμα ρόμβου και τον Βραζιλιάνο σούπερ σταρ στην κορυφή του. Εδώ είχε έναν αμυντικό χαφ, τον Ζήκο και στην επίθεση προστέθηκε ο «εκτελεστής» Μπλάνκο. Αρκετές φορές όμως ο Ισπανός τεχνικός ξεκινούσε τον Ρίμπο στην αριστερή πλευρά, όταν δεν ακολουθούσε τον ρόμβο, αλλά αναγκαζόταν σε κάποια ματς να προσθέσει δεύτερο αμυντικό χαφ.
Ο Δώνης
Μεγάλες αλλαγές σε όλα προσπάθησε να φέρει ο Γιώργος Δώνης στην ΑΕΚ. Εκτός από τη φιλοσοφία και την προπόνηση, ο τεχνικός της Ένωσης προσπάθησε να παίξει με διαφορετικό σύστημα, αν και με την προσθήκη του Τζιμπούρ στο ρόστερ της ομάδας αναγκάστηκε να παίξει όπως ο προκάτοχός του, ο Λορέντσο Σέρα Φερέρ.
Το αγαπημένο σύστημα του Γιώργου Δώνη είναι το 4-3-3. Σ΄ αυτό αναγκαστικά ο Μπασινάς μετατέθηκε στα πλάγια στο κέντρο, όπως και ο Εντίνιο πλάγια στην επίθεση. Το ίδιο θα κάνει και ο Σκόκο. Ο Πελετιέρι αγωνίστηκε στη μέση του κέντρου και αποτέλεσε τον βασικό κόφτη της ομάδας. Στην κορυφή στην επίθεση ήταν ο Ίσμαελ Μπλάνκο.
Η προσθήκη του Ρέφικ Τζιμπούρ τον ανάγκασε να αλλάξει το σύστημα σε 4-4-2 και στον πάγκο έμεινε ο Εντίνιο, ενώ ο Παντελής Καφές πήρε θέση στο κέντρο μαζί με τον Πελετιέρι.
Ο Ντούσκο αρέσκεται στο 4-3-3. Αρχικά έβγαλε από τη ναφθαλίνη τον Ενσαλίβα τον οποίο καθιέρωσε ως βασικό αμυντικό χαφ της ομάδας του. Στη συνέχεια εμπιστεύτηκε πλήρως τον Νίκο Γεωργέα για το δεξί άκρο της άμυνας. Στο κέντρο ο Παντελής Καφές θεωρείται αναντικατάστατος. Ο τρίτος της…παρέας συνήθως αποτελεί μέχρι τώρα την έκπληξη του Ντούσκο. Έχει χρησιμοποιηθεί ο Ταχτσίδης, ο Πελετιέρι, ο Ντιουφ και κάποια στιγμή ο Πλιάτσικας. Στην επίθεση η τριάδα είναι γνωστή. Ο Νάτσο Σκόκο, ο Ράφικ Τζιμπούρ και ο Ίσμαελ Μπλάνκο. Ο Εντίνιο συνήθως μπαίνει αλλαγή. Μερικές φορές πάντως, ο τεχνικός των «κιτρινόμαυρων» αλλάζει τη σύστημά του και παίζει με δύο αμυντικούς χαφ, τρεις μπροστά τους, με τον Σκόκο να είναι πίσω από τον προωθημένο επιθετικό που συνήθως είναι ο Μπλάνκο.
Εδώ θα πρέπει να θυμίσουμε ότι στον πάγκο της ΑΕΚ κάθησε για 16 αγώνες (μαζί με τα πλέι οφ) ο Νίκος Κωστένογλου, ο οποίος έπαιξε το σύστημα 4-4-2.
Φυσικά όλοι οι προπονητές αρκετές φορές αναγκάζονται να αλλάξουν το σύστημα ανάλογα με τον τρόπο παιχνιδιού του αντιπάλου, ίσως και εξαιτίας κάποιων ελλείψεων, από κάρτες ή τραυματισμούς.
