Η Ταφή του Κόμη του Οργκάθ «είναι ένας από τους λαμπρότερους πίνακες που υπάρχουν στην Ισπανία. Οι ξένοι έρχονται να τον δουν γεμάτοι θαυμασμό και οι κάτοικοι της πόλης δεν κουράζονται ποτέ να τον θαυμάζουν γιατί ανακαλύπτουν πάντοτε σ" αυτόν καινούργια πράγματα, αφού εδώ απεικονίζονται πολλοί σημαντικοί άνθρωποι του καιρού μας ζωγραφισμένοι εκ του φυσικού». Τα υμνητικά αυτά λόγια γράφονται το 1612, δυο χρόνια πριν από τον θάνατο του ζωγράφου, από τον Francisco de Pisa στην Περιγραφή της αυτοκρατορικής πόλεως του Τολέδο. Αλλά και στους αιώνες που ακολούθησαν, όταν ο δημιουργός είχε περιπέσει στην αφάνεια, ο επιβλητικός πίνακας της Ταφής δεν έπαψε να θαυμάζεται ως ένα από τα αριστουργήματα της ιστορίας της τέχνης. Το έργο βρίσκεται ακόμη και σήμερα στο παρεκκλήσιο της Παναγίας, στην εκκλησία του Αγίου Θωμά, που ήταν και η ενορία του ζωγράφου, και αποτελεί απόλυτο προορισμό και προσκύνημα για τους λάτρεις της τέχνης.
Ο Don Gonzalez Ruiz de Toledo, καγκελάριος της Καστίλλης και κύριος της πόλης του Οργκάθ, σύμφωνα με τον Pedro de Alcocer (Historia de Toledo, 1554), καταγόταν από τη βυζαντινή οικογένεια των Παλαιολόγων. Ανάμεσα στα πολυάριθμα φιλανθρωπικά του έργα, είχε ανοικοδομήσει και την εκκλησία του Αγίου Θωμά, όπου και είχε ταφεί. Πέθανε το 1323 και, σύμφωνα με την παράδοση, «όταν οι ιερείς ετοιμάζονταν να τον θάψουν έγινε ένα ανήκουστο θαύμα: o Αγιος Στέφανος και ο Αγιος Αυγουστίνος κατέβηκαν από τoν ουρανό και τον ενταφίασαν με τα ίδια τους τα χέρια». Αυτά αναφέρει η επιτύμβια επιγραφή που διαβάζουμε κάτω από τον επιβλητικό πίνακα της Ταφής. Ο εφημέριος του Αγίου Θωμά Andrès Nunez πέτυχε το 1570 την επίσημη αναγνώριση του θαύματος από την εκκλησία και πήρε την άδεια από τον Αρχιεπίσκοπο Quiroga να παραγγείλει έναν πίνακα που θα απομνημόνευε αυτό το υπερφυσικό γεγονός.
 Ενα παρεκκλήσιο αφιερωμένο στην Παναγία της Αμωμης Σύλληψης κτίστηκε ειδικά από τον αρχιτέκτονα της καθεδρικής του Τολέδο Nicolas de Vergara τον νεότερο για να στεγάσει τόσο τον τάφο του ιππότη όσο και τον πίνακα. Το συμβόλαιο ανάμεσα στον εφημέριο του Αγίου Θωμά Andrès Nunez και τον Δομήνικο υπογράφεται στις 18 Μαρτίου 1586 και προβλέπει την παράδοση του έργου για τα Χριστούγεννα του ίδιου έτους. Ο Γκρέκο πρέπει να δούλεψε με φρενήρεις ρυθμούς, σε μια κατάσταση νηφάλιας και ελεγχόμενης έμπνευσης, αυτό το γιγάντιο αριστούργημα των σχεδόν πέντε μέτρων ύψους και κατάφερε να το ολοκληρώσει στο τέλος του 1587. Τότε ανέκυψαν και πάλι οι γνωστές δυσκολίες στην εκτίμηση του έργου. Οι πρώτοι εκτιμητές προσδιόρισαν την αξία του στα 1.200 δουκάτα. Οι ιερείς θεώρησαν υπερβολική την τιμή και όρισαν νέους εκτιμητές που ανέβασαν την αξία του πίνακα στα 1.600 δουκάτα. Ακολούθησε μακρά διένεξη. Τελικά ο ζωγράφος συμβιβάστηκε με την πρώτη εκτίμηση και δέχτηκε να πληρωθεί με 1.200 δουκάτα.

Το συμβόλαιο προσδιόριζε το θέμα και τη σύνθεση με τα δύο επίπεδα: το επίγειο τμήμα με τη νεκρώσιμη ακολουθία και το θαύμα της ταφής καθώς και την επουράνια δόξα. Η έμπνευση, οι συνθετικές λύσεις και οι τολμηρές καινοτομίες του πίνακα ανήκουν, ωστόσο, αποκλειστικά στον ζωγράφο. Η σκηνή του θαύµατος απεικονίζεται στο κάτω μέρος της σύνθεσης, στο επίγειο τµήµα. Μπροστά στα έκθαμβα μάτια των παρισταμένων, ο νεαρός Αγιος Στέφανος και ο ηλικιωμένος Αγιος Αυγουστίνος ανακρατούν το σώμα του νεκρού ιππότη, περίφρακτου μέσα στη βαρύτιμη πανοπλία του, και ετοιμάζονται να το αποθέσουν στον τάφο, που βρισκόταν στην κρύπτη ακριβώς κάτω από τον πίνακα. Οι Αγιοι, καθώς σκύβουν, σχηματίζουν μια προστατευτική αψίδα, που αγκαλιάζει το σώμα του νεκρού. Η στίλβουσα μαύρη ατσάλινη πανοπλία με τα χρυσά κοσμήματα αφήνει ακάλυπτο μόνο το πελιδνό πρόσωπο του ιππότη. Επάνω της ανακλώνται πρόσωπα, λεπτομέρειες και χρώματα από τον περιβάλλοντα χώρο. Η πανοπλία είναι και αυτή σύγχρονη και εμπνέεται από την τελετουργική πολεμική περιβολή των ισπανών βασιλέων. Τα υπέροχα ζωγραφισμένα χρυσοκέντητα άμφια των δυο Αγίων λάμπουν πάνω στο σκοτεινό βάθος των μαύρων ενδυμάτων των ιδαλγών. Ο Γκρέκο ζωγράφισε τη σκηνή του λιθοβολισμού του Αγίου Στεφάνου στο επιγονάτιο της στολής του, ενώ στο επιτραχήλιο του Αγίου Αυγουστίνου παρέστησε ολόσωμους Αγίους. Με αυτούς τους εγκιβωτισμούς, την εικόνα μέσα στην εικόνα, μας θύμισε τη βυζαντινή καταγωγή της τέχνης του, με τα μαρτυρολόγια γύρω από την εικόνα του Αγίου, αλλά και τη θητεία του στη μικρογραφία. Η στατική εικόνα εμψυχώνεται από την ποικιλία των εκφράσεων των παρισταμένων, που παρακολουθούν με συγκρατημένη συγκίνηση όσα θαυμαστά συμβαίνουν σε γη και ουρανό. Με τα βλέμματα, τις χειρονομίες,  τα έξοχα σχεδιασμένα χέρια τους, εκφράζουν την απορία, τη συγκίνηση, την έκστασή τους. Η εγκράτεια στην έκφραση των συναισθημάτων χαρακτηρίζει ολόκληρο το έργο του Γκρέκο και είναι και αυτό ένα τεκμήριο της καταγωγής του από τον πνευματικό κόσμο του Βυζαντίου.
Το επίγειο τμήμα της σύνθεσης ο κρητικός ζωγράφος το ερμήνευσε ρεαλιστικά σαν μια νυκτερινή νεκρώσιμη ακολουθία, σαν ένα requiem, που τελείται από τους κληρικούς υπό το φως των έξι καθιερωμένων λαμπάδων, σύμφωνα με το τυπικό της Καθολικής Εκκλησίας. Στην τελετή παρίστανται ευγενείς πολίτες του Τολέδο, ντυμένοι με τη σύγχρονη μαύρη φορεσιά, φωτισμένη μονάχα από την άσπρη τραχηλιά και το λευκό περικάρπιο. Πρόκειται για πορτρέτα μελετημένα εκ του φυσικού, και αυτό χαρίζει στο έργο μια μοναδική ενάργεια. Στο αριστερό άκρο στέκονται ένας φραγκισκανός και ένας μοναχός του Τάγματος του Αγίου Αυγουστίνου.

Παρά τη μαρτυρία των συγχρόνων ότι εδώ έχουμε μια συνάθροιση εξεχόντων πολιτών, λίγοι έχουν ταυτιστεί με βεβαιότητα: ο ιερέας που διαβάζει το βιβλίο δεξιά, φορώντας ένα πλούσια κεντημένο επιτραχήλιο, θεωρείται ότι απεικονίζει τον εφημέριο του ναού και παραγγελιοδότη του έργου, Andrès Nunez. Ο ηλικιωμένος άνδρας με το ιερατικό μαύρο ένδυμα δεξιά είναι ο Antonio de Covarrubias, ο επιφανής ελληνιστής, φίλος του καλλιτέχνη, που τον αποκαλούσε «φως της οικουμένης». Τον αναγνωρίζουμε από τα δυο πορτρέτα που του αφιέρωσε ο ζωγράφος. Ανάμεσα στους ιδαλγούς, ο Γκρέκο παρέστησε και τον εαυτό του, όπως το συνήθιζαν οι καλλιτέχνες στην Ιταλία. Αντίθετα με όλους τους παρισταμένους, ο ζωγράφος μάς κοιτάζει κατάματα όπως και το οκτάχρονο αγόρι στο πρώτο επίπεδο αριστερά, που είναι ο γιος του Θεοτοκόπουλου και μελλοντικός συνεργάτης του, ο ζωγράφος και αρχιτέκτονας Χόρχε Μανουήλ. Η μυστηριώδης χρονολογία 1578, πλάι στην υπογραφή του ζωγράφου, πάνω στο μαντίλι της τσέπης του παιδιού, συμπίπτει µε τη χρονολογία της γέννησης του μοναχογιού του Γκρέκο. Τέλος, ο δημιουργός έδωσε στον γέροντα Αγιο Αυγουστίνο τα χαρακτηριστικά του Αρχιεπισκόπου Quiroga.
Στο πάνω μέρος, το επουράνιο, τα γκρίζα σύννεφα με τους ιριδίζοντες τόνους, που μοιάζουν με μεταλλικά ελάσματα ή παγόβουνα, παραμερίζουν για ν" αποκαλύψουν την υποδοχή του δικαίου στον Παράδεισο. Ο Χριστός απεικονίζεται στην τοξωτή κορυφή του πίνακα λευκοφορών και εν δόξη, ως πηγή του φωτός, σύμφωνα με την ευαγγελική ρήση: «εγώ ειμί το φως του κόσμου». Ο ζωγράφος τον τοποθετεί στην κορυφή του τριγώνου που σχηματίζεται από τις μορφές της Παναγίας και του Ιωάννη του Προδρόµου στην παραδοσιακή ορθόδοξη σύνθεση της Δέησης. Οι τρεις κεντρικές μορφές της ουράνιας δόξας περιβάλλονται από Αποστόλους, Αγίους, μάρτυρες, βιβλικούς βασιλείς και δικαίους. Ανάµεσά τους διακρίνεται ο Φίλιππος Β", παρ" όλο που ζούσε ακόμη.

Ενας άγγελος μεταφέρει την ψυχή τού νεκρού στον ουρανό υπό µορφήν αιθέριου βρέφους, σύμφωνα με την ορθόδοξη παράδοση. Ο στροβιλιζόμενος άγγελος απεικονίζεται στη ζεύξη γης και ουρανού, στο τριγωνικό αέτωµα που σχηµατίζεται πάνω από τις κεφαλές των ιδαλγών που παρίστανται στη σκηνή του ενταφιασµού. Οσο ρεαλιστικό και εγκόσμιο είναι το επίγειο τμήμα της σύνθεσης τόσο υπερβατικό, υπεραισθητό και αλλόκοσμο είναι το ουράνιο. Τα σώματα των Αγίων και των δικαίων επιμηκύνονται, εξαϋλώνονται. Στην αυστηρότητα και την τελετουργική γαλήνη του επίγειου τμήματος αντιβάλλεται μια έντονη κινητικότητα, που προαγγέλλει τον οργανωμένο σάλο των ώριμων συνθέσεων του ζωγράφου. Χιασμοί, αντιθετικές κινήσεις, οι στρόβιλοι των νεφών και των ιματίων φορτίζουν το ουράνιο τμήμα με ένταση και δυναμισμό.

Η σύνθεση σχηματίζει ένα είδος πρόσοψης αρχαίου ναού, όπου οι νοητοί κίονες ταυτίζονται µε τις όρθιες μορφές των παρισταμένων. Το θαύμα τελείται μπροστά σ" αυτό το «πρόπυλο», ενώ στο νοητό αέτωμα που σχηματίζουν τα σύννεφα εγγράφεται ο άγγελος – κομιστής της ψυχής του θανόντος. Πάνω στη «στέγη» του «ναού» ανοίγονται τα αχανή βάθη του ουράνιου κόσμου. Η φαινομενική ταραχή που επικρατεί σ" αυτό το τμήμα υποτάσσεται στην πραγματικότητα σε μια αυστηρή γεωμετρική τάξη. Ετσι η σύνθεση είναι ταυτόχρονα κλασική και μπαρόκ. Η σύνθεση της Ταφής του Κόμη του Οργκάθ έχει συνδεθεί µε τη βυζαντινή εικονογραφία της Κοίμησης της Θεοτόκου. Τα παραδείγματα που είχαν χρησιμοποιηθεί για να στηρίξουν αυτή την άποψη έχουν πολύ στενή σχέση µε την εικόνα της Κοίμησης του Θεοτοκόπουλου που ανακαλύφθηκε το 1983 στην οµώνυµη εκκλησία της Σύρου. Αλλωστε ο Γκρέκο, ως γνήσιος βυζαντινός ζωγράφος, δούλευε σε όλη τη ζωή του µε ρεπερτόριο συνθετικών σχημάτων και μοτίβων.

Η χρωματική αρμονία της Ταφής του Κόμη του Οργκάθ φτάνει σε αξεπέραστο πλούτο, εκφραστικότητα και ακτινοβολία. Πάνω στο πένθιμο μαύρο της αυστηρής στολής των ευγενών προβάλλονται τα χρυσοποίκιλτα άμφια, χαρίζοντας στη σκηνή έναν έντονο τελετουργικό χαρακτήρα. Στον ουράνιο χώρο κυριαρχούν διάφανες αρμονίες από ιριδίζοντα και φιλντισένια γκρίζα, που γειτνιάζουν με χρυσωπές ώχρες, με γαλάζια και λαμπερά κόκκινα. Η τεχνική του έργου αποδεικνύει τη μεγάλη δεξιοτεχνία του ζωγράφου στον χειρισμό της ελαιογραφίας, που είχε διδαχτεί από τους βενετούς δασκάλους του.

Η Ταφή του Κόμη του Οργκάθ, κορυφαίο έργο του Γκρέκο και αδιαμφισβήτητο αριστούργημα της παγκόσμιας ιστορίας της τέχνης, αποτελεί σταθμό στη δημιουργία του. Ο Θεοτοκόπουλος καταθέτει εδώ συµπυκνωµένη όλη τη σοφία της τέχνης του. Μέσα από αυτό το ορυχείο θα αναδυθεί το ώριμο έργο του. Με το κορυφαίο αριστούργημα της Ταφής κλείνει η πρώτη δημιουργική δεκαετία του Γκρέκο στο Τολέδο, που σηματοδοτείται από έργα σπάνιας ομορφιάς. Με τις επιτυχίες αυτές ο κρητικός ζωγράφος προσπάθησε και πέτυχε να επιβληθεί στις συνειδήσεις ως ο αδιαμφισβήτητος μονάρχης της ζωγραφικής στην παλιά αυτοκρατορική πόλη.