Τα πιο συνηθισμένα συμπτώματα της νόσου του Κρον, όπως αναφέρει ο καθηγητής Παθολογικής Φυσιολογίας του Πανεπιστημίου Αθηνών Χαράλαμπος Μουτσόπουλος, είναι ο πόνος στην κοιλιά (συχνά στο κατώτερο δεξιό μέρος) και η διάρροια.
Οι ασθενείς μπορεί επίσης να αναφέρουν αιμορραγία από το ορθό, απώλεια βάρους και πυρετό. Η αιμορραγία μπορεί να είναι σοβαρή και επίμονη και να οδηγήσει σε αναιμία.
Σε παιδιά που πάσχουν από τη νόσο του Κρον, μπορεί να καθυστερήσει την ανάπτυξή τους.