Ακόμα και τα πιο «ελαφρά» αντιβιοτικά μπορεί να διαταράξουν σοβαρά την ισορροπία των μικροβίων που ζουν στο έντερο, μειώνοντας τον αριθμό των «καλών» μικροοργανισμών.
Μελέτη του Πανεπιστημίου του Στάνφορντ στην Καλιφόρνια των ΗΠΑ, η οποία δημοσιεύτηκε στην επιθεώρηση της Εθνικής Ακαδημίας Επιστημών των ΗΠΑ (PNAS), διαπίστωσε ότι τα αντιβιοτικά καταστέλλουν ολόκληρους πληθυσμούς ευεργετικών μικροβίων του εντέρου.
Σε μερικές μάλιστα περιπτώσεις, ο άνθρωπος μπορεί να χρειαστεί μήνες για να επανέλθει στην προηγούμενη κατάσταση ισορροπίας των μικροοργανισμών στο έντερό του.
Η έρευνα, όπως αναφέρει το Ελληνικό Ινστιτούτο Διατροφής, υποστηρίζει τη χρησιμότητα των λεγόμενων «προβιοτικών» προϊόντων, που περιέχουν ζωντανές καλλιέργειες μικροβίων.
Ο Παγκόσμιος Οργανισμός Γαστρεντερολογίας (WGO) αναφέρει ότι η καθημερινή κατανάλωση κλινικώς αποδεδειγμένων προβιοτικών γαλακτοκομικών προϊόντων (όπως για παράδειγμα αυτά που περιέχουν τον γαλακτοβάκιλλο Casei Defensis ή το μπιφιντοβακτήριο ActiRegularis) συμβάλλει στην υγεία του πεπτικού συστήματος.