Την περίοδο 1990-91 επιχειρείται η μεταρρύθμιση Κοντογιαννόπουλου. Το νομοσχέδιο που φέρνει, προέβλεπε μεταξύ άλλων μείωση αργιών, κατάργηση αδικαιολόγητων απουσιών και 15μελών, σύστημα πόντων για έλεγχο της συμπεριφοράς των μαθητών, επιβολή ομοιόμορφης εμφάνισης, υποχρεωτικό εκκλησιασμό, κ.ά. Για τα πανεπιστήμια προέβλεπε κατάργηση των δωρεάν συγγραμμάτων, εντατικοποίηση, περικοπή φοιτητικής συμμετοχής στη διοίκηση των ΑΕΙ και κατάργηση του ασύλου. Ξεσπούν καταλήψεις σε πανεπιστήμια και σχολεία, συλλαλητήρια και νεανική εξέγερση. Ο αναβρασμός καταλήγει στη δολοφονία του καθηγητή Νίκου Τεμπονέρα στην Πάτρα και στον εμπρησμό του «Κ. Μαρούσης» με 4 θανάτους, τον Ιανουάριο του 1991. Ο κ. Κοντογιαννόπουλος παραιτείται, αντικαθίσταται από τον κ. Σουφλιά και η μεταρρύθμιση ματαιώνεται. Την ίδια περίοδο γίνεται για πρώτη φορά διάλογος για ιδιωτικά πανεπιστήμια από νομικά πρόσωπα δημοσίου δικαίου.