Το μάθημα των Θρησκευτικών και το περιεχόμενό του στα σχολεία, ο υποχρεωτικός εκκλησιασμός, η καθημερινή προσευχή και ο τρόπος απαλλαγής από το μάθημα βρίσκονται σήμερα στο επίκεντρο της Ολομέλειας του Συμβουλίου της Επικρατείας. Η υπόθεση έφτασε μέχρι το Ανώτατο Δικαστήριο ύστερα από πέντε αιτήσεις ακύρωσης, ενώ η Ενωση Αθέων και πέντε προσφεύγοντες έχουν ζητήσει να αφαιρεθούν από τη δικαστική αίθουσα οι εικόνες. Στο ΣτΕ έχουν προσφύγει η Ενωση Αθέων, η Ελληνική Ενωση για τα Δικαιώματα του Ανθρώπου και 24 πολίτες. Τόσο στις αιτήσεις ακύρωσης όσο και στις παρεμβάσεις τίθενται ζητήματα κατοχύρωσης της θρησκευτικής ελευθερίας σύμφωνα με την Ευρωπαϊκή Σύμβαση Δικαιωμάτων του Ανθρώπου και το Σύνταγμα.