Την ακύρωση του νέου οργανισμού του υπουργείου Παιδείας σχετικά με την αφαίρεση από την αποστολή του υπουργείου τής «ανάπτυξης της θρησκευτικής συνείδησης» ζητούν με προσφυγή τους στο ΣτΕ η Ιερά Μητρόπολη Πειραιά, ο μητροπολίτης Πειραιά Σεραφείμ, η Πανελλήνια Ενωσις Θεολόγων, η Εστία Πατερικών Μελετών και δύο γονείς των οποίων τα παιδιά φοιτούν στο Δημοτικό Σχολείο και στο Λύκειο. Οι προσφεύγοντες υποστηρίζουν ότι είναι αντίθετη τόσο στο άρθρο 16 του Συντάγματος, όσο και στην Ευρωπαϊκή Σύμβαση Δικαιωμάτων του Ανθρώπου, η παράλειψη του νέου οργανισμού του υπουργείου Παιδείας να εντάξει την ανάπτυξη της θρησκευτικής συνείδησης στους σκοπούς του υπουργείου.