Και επιπλέον στέλνει στην Ευρωπαϊκή Ενωση σήμα ότι το μουσείο λειτουργεί ώστε να μην προκύψουν ζητήματα επιστροφής κονδυλίων, δεδομένου ότι λήγει το ΕΣΠΑ μέσω του οποίου χρηματοδοτήθηκε το μεγαλύτερο μέρος του έργου. Ωστόσο μια πρώτη γεύση για την τελική εικόνα που θα εισπράττουν οι επισκέπτες όταν εγκαινιασθεί επισήμως –αναμένεται προς το τέλος του 2016 –πήραν τα μέλη του Συμβουλίου Μουσείων τα οποία ενέκριναν ομόφωνα τη νέα μουσειολογική μελέτη της νυν διευθύντριας του ΕΜΣΤ Κατερίνας Κοσκινά και απουσία της αποπεμφθείσας ιδρυτικής διευθύντριάς του Αννας Καφέτση η οποία είναι τακτικό μέλος του Συμβουλίου.
Η δεύτερη σχετίζεται με την ένταξη αρκετών νέων έργων που δεν περιλαμβάνονταν στην προηγούμενη μελέτη καθώς το ΕΜΣΤ επιχειρεί να αποκτήσει είτε ως δωρεές είτε ως χρησιδάνεια –μεταξύ αυτών δημιουργίες των Γιώργου Ζογγολόπουλου, Γιώργου Λάππα, Λήδας Παπακωνσταντίνου, Ηλία Παπαηλιάκη. Η τρίτη αλλαγή αφορά την παρουσίαση των έργων: αντί η μόνιμη συλλογή να ξεδιπλώνεται από το υπόγειο, θα ξεκινά από τον δεύτερο όροφο και θα φτάνει ώς τον τέταρτο καθώς ο εκθεσιακός χώρος του υπογείου και του ισογείου θα χρησιμοποιηθούν για περιοδικές εκθέσεις, ενώ υπάρχουν έργα που θα τοποθετηθούν σε περάσματα και κοινόχρηστους χώρους.
Το «Κουτσό» από την ενότητα «Μετανάστες» του Βλάση Κανιάρη, με τις έξι ανδρικές φιγούρες και τις εννέα βαλίτσες πάνω σε ένα σχεδιασμένο με κιμωλία κουτσό. Και το εντυπωσιακό έργο του Κουτλούγκ Αταμάν «99 ονόματα» όπου σε έναν χώρο ύψους 9,5 μ. θα κρεμαστούν πέντε οθόνες στις οποίες προβάλλεται ένας άνδρας που απαγγέλλει όλο και σε μεγαλύτερη ένταση τα ονόματα που χαρακτηρίζουν τον Θεό σύμφωνα με το Κοράνι.
Στον τρίτο όροφο θα βρουν τη θέση του από έργα του Ντίκου Βυζάντιου έως του Γιώργου Λαζόγκα και από τον λαβύρινθο με τους καθρέφτες του Λουκά Σαμαρά έως την εντυπωσιακή «Σχεδία» του μετρ της βιντεοτέχνης Μπιλ Βιόλα, ενώ στον τελευταίο όροφο μεταξύ άλλων θα παρουσιαστούν η μνημειακών διαστάσεων εγκατάσταση «Το πλοίο της ζωής μου» του Ιλία Καμπακόφ, ένα από τα πρώτα αποκτήματα του μουσείου, όπου μέσα σε ένα τεράστιο ξύλινο σκαρί ο καλλιτέχνης έχει αποθηκεύσει μικροαντικείμενα και βιβλία που σημάδεψαν την πορεία του, τα πρωτότυπα σε γύψο των «Κυκλαδικών βιβλίων» της Χρύσας και ο «Οδοιπόρος», συνδυασμός ζωγραφικής και βίντεο, του Κώστα Τσόκλη.