Με καθυστερήσεις που κατά μέσο όρο έφτασαν τα 40 λεπτά, αναχώρησαν την Κυριακή το πρωί από το αεροδρόμιο «Ελευθέριος Βενιζέλος» συνολικά δεκατρείς πτήσεις, που ήταν προγραμματισμένες να φύγουν στο διάστημα από τις 9.30 π.μ έως και τις 10.30 π.μ.
Οι καθυστερήσεις, σύμφωνα με την Ελληνική Αστυνομία, προέκυψαν όταν σε δειγματοληπτικό έλεγχο -μετά τον κανονικό σωματικό έλεγχο- σε μια επιβάτη με προορισμό την Ισπανία, υπήρξαν ενδείξεις ότι έφερε μαζί της εκρηκτικά.
Συγκεκριμένα, σύμφωνα με ανακοίνωση του Διεθνή Αερολιμένα Αθηνών (ΔΑΑ), η επιβάτης της Aegean Airlines ελέγχθηκε πρωτογενώς μέσω των ειδικών μαγνητικών πυλών ελέγχου ασφαλείας και βρέθηκε «καθαρή». Ωστόσο, κατά τη διάρκεια δευτερογενούς δειγματοληπτικού πρόσθετου ελέγχου ασφαλείας (γίνεται λίγο πριν την επιβίβαση στο αεροσκάφος), προέκυψε ένδειξη, σύμφωνα με την οποία κρίθηκε απαραίτητος ο επανέλεγχός της.
Αμέσως, υπήρξε κινητοποίηση των υπηρεσιών ασφαλείας εξ αιτίας του συγκεκριμένου περιστατικού και ο ΔΑΑ, σύμφωνα με τα στοιχεία που είχε στη διάθεσή του, σε συνεργασία με τις αρμόδιες αρχές «και με γνώμονα την ασφαλή διεξαγωγή των πτήσεων και την ασφάλεια του επιβατικού κοινού, υπέδειξε την καθήλωση όλων των πτήσεων που βρίσκονταν στο έδαφος, για περαιτέρω ελέγχους».
Ωστόσο, η συγκεκριμένη επιβάτης πρόλαβε να επιβιβασθεί στην πτήση της Αegean Α3688 με προορισμό τη Μαδρίτη, η οποία είχε ήδη απογειωθεί όταν δόθηκε η εντολή για τους νέους πρόσθετους ελέγχους ασφαλείας.

Με βάση την πληροφορία αυτή, η Aegean έδωσε με τη σειρά της οδηγίες στον κυβερνήτη της πτήσης να προσγειώσει το αεροπλάνο στο πλησιέστερο αεροδρόμιο.

Το αεροπλάνο προσγειώθηκε τελικά στο αεροδρόμιο της Μαγιόρκα «Palma de Mallorca Airport», όπου έγιναν οι προβλεπόμενοι για τέτοιες περιπτώσεις, έκτακτοι έλεγχοι ασφαλείας στο αεροσκάφος και σε όλους τους επιβαίνοντες σε αυτό.

Κατά τους ελέγχους δεν διαπιστώθηκε κάποιο πρόβλημα και το αεροσκάφος αναχώρησε από την Μαγιόρκα για την Μαδρίτη, που ήταν και ο τελικός προορισμός της πτήσης του.

Πάντως, για την υπόθεση αυτή, σύμφωνα με πληροφορίες, η Αστυνομία σχηματίζει δικογραφία σε βάρος των υπαλλήλων της εταιρείας ασφαλείας του αεροδρομίου (security), τους οποίους κατηγορεί για μη έγκαιρη ενημέρωση των αστυνομικών αρχών μετά τον έλεγχο της επιβάτιδας, με αποτέλεσμα να προλάβει να επιβιβασθεί στο αεροπλάνο.