Για την πλειοψηφία των μελών του Συμβουλίου Εφετών οι κατηγορούμενοι αποτελούν «διαρκή και δομημένη εγκληματική ομάδα με ιεραρχία και σκοπό τη διάπραξη κακουργημάτων». Σύμφωνα με τους δικαστικούς λειτουργούς, ο αρχηγός της Χρυσής Αυγής Νίκος Μιχαλολιάκος ήταν ο επικεφαλής και ο απόλυτος κυρίαρχος της οργάνωσης. Οι δε βουλευτές είχαν τον ρόλο του περιφερειάρχη μεταφέροντας τις εντολές της ηγεσίας της εγκληματικής οργάνωσης στους πυρηνάρχες.

«Η επιχειρησιακή δράση της, η οποία είχε σκοπό την αντιμετώπιση διά της βίας των αντιφρονούντων αλλοδαπών αλλά και όσων θεωρούνταν σοβαροί ιδεολογικοί εχθροί της και κατ’ επέκταση τη βίαιη επιβολή των πολιτικών ιδεών της, εκδηλωνόταν μέσω των τοπικών οργανώσεών της και πάντοτε υπό την καθοδήγηση ανώτερου στην ιεραρχία στελέχους, με βάση οργανωμένο σχέδιο το οποίο εκτελούσαν τα μέλη ομάδων κρούσης, επονομαζόμενα «τάγματα εφόδου», που λειτουργούσαν υπό την αιγίδα των τοπικών οργανώσεων, τα μέλη των οποίων είχαν ιδιαίτερα σωματικά προσόντα και κατάλληλη εκπαίδευση, προσομοιάζουσα με εκείνη των ανδρών των Επίλεκτων Ειδικών Μονάδων των Ενόπλων Δυνάμεων της χώρας» ανέφερε χαρακτηριστικά στην παραπεμπτική πρότασή του ο σημερινός προϊστάμενος της Εισαγγελίας Εφετών Αθηνών Ισίδωρος Ντογιάκος, ο οποίος αποφάνθηκε για την ποινική μεταχείριση των κατηγορουμένων μαζί με τις δύο εφέτες – ειδικές ανακρίτριες Ιωάννα Κλάπα και Μαρία Δημητροπούλου που διενήργησαν τη δικαστική έρευνα.