Από τις πολλές περιόδους του μακεδονικού ζητήματος αυτή που συνδέεται περισσότερο με τον ενδόμυχο ελληνικό φόβο για την απώλεια της χώρας του Αλεξάνδρου, υπήρξε η εποχή του εμφυλίου πολέμου. Οταν ο Νίκος Ζαχαριάδης ανέλαβε την ηγεσία του ΚΚΕ και αργότερα τη διεύθυνση των επιχειρήσεων του Δημοκρατικού Στρατού, αποφάσισε να επαναφέρει τη συμφωνία  του ΚΚΕ με την Τρίτη Διεθνή για την παραχώρηση της ελληνικής Μακεδονίας στο σύνολο των εδαφών που θα συναποτελούσαν μια ανεξάρτητη κομμουνιστική οντότητα. Τα τελευταία χρόνια της σύγκρουσης ο Δημοκρατικός Στρατός στρατολογούσε κυρίως σλαβομακεδόνες με την υπόσχεση της ανεξαρτησίας. Η εγκατάσταση περισσότερων από τους μισούς πρόσφυγες του 1922 στην ελληνική Μακεδονία είχε προκαλέσει οξεία αντιπαράθεση των νεοαφιχθέντων με τους ντόπιους, καθώς οι πρώτοι υπήρξαν αποδέκτες της κρατικής πρόνοιας και των τουρκικών περιουσιών. Η δυσαρέσκεια των εντοπίων με το ελληνικό κράτος και η πρόσδεση των μικρασιατών προσφύγων σ" αυτό, υπήρξε ένα σταθερό μοτίβο της Κατοχής και του Εμφυλίου.
Αφού επήλθε η αγεφύρωτη διάσταση Στάλιν – Τίτο (1948) το ΚΚΕ βρέθηκε μπροστά σε τρομερό δίλημμα επιλογής, καθώς η Γιουγκοσλαβία υπήρξε η κύρια πηγή ανεφοδιασμού και καταφύγιο του Δημοκρατικού Στρατού έπειτα από κάθε επιχείρηση. Ομως όταν ο Ζαχαριάδης ανακοίνωσε τη σύμπλευση του ΚΚΕ με τη Σοβιετική Ενωση, ο Τίτο σταδιακά απαγόρευσε τη χρήση της χώρας του ως ορμητηρίου και διέκοψε βέβαια και τη βοήθεια προς τον Δημοκρατικό Στρατό. Παράλληλα, η ηγεσία του ΚΚΕ αποδέχθηκε ένα σλαβομακεδονικό κράτος ελεγχόμενο από τη Βουλγαρία αντί της Γιουγκοσλαβίας. Η αλλαγή αυτή έβαλε ταφόπλακα στις ελληνογιουγκοσλαβικές σχέσεις. Γύρω στους 4.000 στρατιώτες και αξιωματικούς του Δημοκρατικού Στρατού τέθηκαν υπό κράτηση από τους Γιουγκοσλάβους.
Η αφοσίωση του Ζαχαριάδη στον Στάλιν είναι εντυπωσιακή, δεδομένου ότι η Σοβιετική Ενωση αρνήθηκε να αναγνωρίσει την Προσωρινή Δημοκρατική Κυβέρνηση του ΚΚΕ, που ιδρύθηκε τον Δεκέμβριο του 1947 και δεν επέτρεψε τη συμμετοχή του κόμματος στο Γραφείο Πληροφοριών των Κομμουνιστικών Κομμάτων (Κόμινφορμ) που αποτέλεσαν την απάντηση του Στάλιν στο Δόγμα Τρούμαν και το Σχέδιο Μάρσαλ.
Στις αρχές του 1945 ο Τίτο επέτρεψε στους κομμουνιστές που είχαν δραπετεύσει από την Ελλάδα να εγκατασταθούν σε στρατόπεδο έξω από το χωριό Μπούλκες. Η περιοχή περιελάμβανε και πολλούς Σλαβομακεδόνες οι οποίοι δεν είχαν αποδεχθεί τη Συμφωνία της Βάρκιζας. Οσο διαρκούσε ο Εμφύλιος το Μπούλκες έγινε κέντρο εκπαίδευσης μαχητών του Δημοκρατικού Στρατού, αλλά και κέντρο ελλήνων κομμουνιστών εκτός Ελλάδος με σχολεία, νοσοκομεία και εφημερίδες. Το Διοικητικό Συμβούλιο αυτής της κοινότητας αυτοανακηρύχθηκε αυτόνομη κυβέρνηση με δικό της χαρτονόμισμα. Το πείραμα του Κοινοβίου τερματίστηκε επίσημα τον Σεπτέμβριο του 1949 με την εξήγηση από τις γιουγκοσλαβικές Αρχές ότι είχαν διαπραχθεί ατασθαλίες. Περί τους οκτακόσιους Ελληνες παρέμειναν, μάλλον ως οπαδοί του Τίτο.
Οταν ο Δημοκρατικός Στρατός ηττήθηκε οριστικά στον Γράμμο οι περισσότεροι μαχητές του κατέφυγαν στην Αλβανία και από εκεί με πλοίο στη Σοβιετική Ενωση. Οι φιλογιουγκοσλάβοι Σλαβομακεδόνες πέρασαν στα Σκόπια. Τα παιδιά και τα εγγόνια τους βρίσκονται ώς επί το πλείστον ακόμα εκεί.
Ο Θάνος Μ. Βερέμης είναι ομότιμος καθηγητής ΕΚΠΑ.