Την εντολή «Αγαπάτε αλλήλους» που έδωσε ο Ιησούς στους μαθητές του μετά τον Μυστικό Δείπνο εκείνος την κάνει καθημερινά πράξη τα τελευταία 20 χρόνια. Και θα συνεχίσει, αφού η Κιβωτός του Κόσμου, τα παιδιά και οι οικογένειες που φροντίζει, χρειάζονται τον δικό τους…Νώε.
Το 1998 ξεκίνησε την ιερατική του δράση σε μια περιοχή που δεν τη γνώριζε και η οποία αποδείχθηκε ιδιαίτερα δύσκολη. Ο πατέρας Αντώνιος Παπανικολάου, στα 26 του χρόνια, άρχισε την ιερατική πορεία από την ενορία του Αγίου Γεωργίου στην Ακαδημία Πλάτωνος στον Κολωνό. Ο Θεός, όπως λέει σήμερα, του  επεφύλασσε μία μεγάλη έκπληξη. Η περιοχή είχε υψηλή νεανική εγκληματικότητα, κατακερματισμένες οικογένειες και η συγκεκριμένη ενορία ήταν η φτωχότερη της Αρχιεπισκοπής.
Η απόφαση που πήρε ήταν σχεδόν άμεση: Σε μια τέτοια κλειστή κοινωνία, αντί να περιμένει να έρθει στην εκκλησία ο κόσμος, ανοίχτηκε εκείνος και κυρίως προσέγγισε τα παιδιά. «Πήγα εγώ να γνωρίσω το ποίμνιό μου. Ηδη, πολλά παιδιά είχαν αναπτύξει παραβατική συμπεριφορά. Τα έβλεπες να μαζεύονται σε ένα χώρο ανάμεσα στο σχολείο και την εκκλησία. Τότε υπήρχαν και αρκετές συμμορίες. Πολλές φορές λέμε «ποιος θα βγάλει το φίδι από την τρύπα». Εφόσον, λοιπόν, το σκηνικό αυτό ήταν μπροστά στην εκκλησία, αποφάσισα να γνωρίσω αυτά τα παιδιά που πολλοί φοβούνταν, που στην πραγματικότητα, όμως, ήταν τα ίδια φοβισμένα, πληγωμένα, χωρίς υποστηρικτικό οικογενειακό περιβάλλον. Πολλά, δε, ήταν πλήρως παραμελημένα», μου λέει ο πατέρας Αντώνιος.
Στην αρχή ήταν μια παρέα εφήβων. Η κίνηση του ιερέα της ενορίας να πλησιάσει και να παίξει μαζί τους έναν αγώνα μπάσκετ ήταν κάτι πρωτόγνωρο. «Οταν κάποιος είναι τόσο απελπισμένος όπως αυτά, τι να του πεις;  Οτι ο Χριστός σώζει; Τα ακούει βερεσέ» έχει πει.
Ετσι, χωρίς πολλή σκέψη, χωρίς κάποιο σχέδιο ούτε και ιδιαίτερη βοήθεια, αφού στην αρχή, όπως και ο ίδιος θυμάται, ήταν μόνοι τους, ξεκίνησε μία πρωτοβουλία να αγκαλιαστούν αυτά τα περιθωριοποιημένα παιδιά. Ενα ισόγειο, πρώην παλιό καφενείο στην οδό Πύλου, έγινε το πρώτο καταφύγιο. Ακόμη και το πώς θα ονομαστεί η οργάνωση αποφάσισαν τα ίδια τα παιδιά. Στο τραπέζι έπεσαν εναλλακτικές, όπως φωλιά ή καταφύγιο, που έδειχνε πως τα παιδιά αυτή την πρωτοβουλία την αισθάνονταν ως κάτι που τους προστατεύει. Ετσι γεννήθηκε η Κιβωτός. Ο πατέρας Αντώνιος πρόσθεσε «του Κόσμου» θέλοντας να δείξει ότι σε αυτήν την κιβωτό κανένας δεν περισσεύει. Πολλά ήταν τα παιδιά που αισθάνονταν ένοχα και υπαίτια για την κατάσταση που ζούσαν. Εκείνος συνεχώς τους υπενθύμιζε πως «ο Θεός δεν βλέπει αυτό που είμαστε αλλά αυτό που μπορούμε να γίνουμε».
Η πρώτη ανάγκη που έπρεπε να καλυφθεί ήταν η σίτιση των παιδιών αυτών, που, σύμφωνα με τον πατέρα Αντώνιο, ήταν με σάπια δόντια και κίτρινο χρώμα στο πρόσωπο. «Αρα λοιπόν έπρεπε αρχικά να φροντίσουμε για το μεσημεριανό τους. Η δεύτερη ανάγκη ήταν να τα βοηθήσουμε με τα μαθήματα στο σχολείο, κάτι που οι οικογένειές τους δεν μπορούσαν να κάνουν. Ετσι, βρήκαμε ανθρώπους να τα προετοιμάζουν για την επόμενη μέρα στο σχολείο».
Η Κιβωτός εξελίχθηκε σιγά σιγά μέσα στα χρόνια. Το 2007 το πρώτο σπίτι φιλοξενίας για 30 παιδιά, που έφταναν στο σπίτι μετά από εντολή του Εισαγγελέα Ανηλίκων, στην περιοχή του Κολωνού ήταν πια πραγματικότητα. Ενα χρόνο αργότερα δημιουργείται το Κέντρο Μέριμνας και Προστασίας Μητέρας και Παιδιού  της Κιβωτού του Κόσμου στην οδό Ζηνοδώρου 3, στον Κολωνό.
Μέχρι σήμερα έχει βοηθήσει τουλάχιστον 120 οικογένειες ως επί το πλείστον μονογονεϊκές να αποϊδρυματοποιηθούν, παρέχοντας στέγη, τροφή, ιατροφαρμακευτική περίθαλψη και βοηθώντας τις μητέρες να αποκτήσουν γνώσεις που θα χρειαστούν στην εύρεση εργασίας ώστε να σταθούν και πάλι στα πόδια τους και δίπλα στα παιδιά τους.
Ακολούθησαν το Σπίτι Φιλοξενίας στον Πειραιά, το Γεωργικό Σχολείο για 55 παιδιά στην Πωγωνιανή της Ηπείρου, μόλις 800 μέτρα από τα ελληνοαλβανικά σύνορα, αλλά και το χωριό παιδικής προστασίας στο Αίπος Χίου όπου με τις μεγάλες προσφυγικές ροές των προηγούμενων μηνών φιλοξενήθηκαν πάνω από 250 ασυνόδευτα ανήλικα, τα οποία έχουν πλέον επανενωθεί με τις οικογένειές τους σε χώρες της Ευρώπης.
Οι ανάγκες του εθελοντικού μη κερδοσκοπικού οργανισμού είναι συνεχείς και πολυεπίπεδες. Εκτός από τα βασικά είδη, όπως τρόφιμα ή πράγματα που χρειάζονται τα παιδιά, «αυτό που έχει μεγάλη αξία είναι να κρατήσουμε τις υπηρεσίες μας με όλους τους επαγγελματίες, τους ψυχολόγους και τους παιδαγωγούς, ώστε να μπορέσουμε να «θεραπεύσουμε» αυτά τα παιδιά». Δύναμη της Κιβωτού είναι και οι 500 και πλέον εθελοντές που βοηθούν στο εγχείρημα αυτό, «κι επειδή οι ανάγκες για στήριξη παιδιών μεγαλώνει – μόνο στην Αθήνα φροντίζουμε 400 παιδιά – χρειάζονται όλο και περισσότεροι εθελοντές».
Η αναγνώριση του έργου δεν άργησε να έρθει. Το 2003 ο τότε Πρόεδρος της Δημοκρατίας Κωστής Στεφανόπουλος βράβευσε την Κιβωτό του Κόσμου ως μία από τις καλύτερες οργανώσεις για τη μέριμνα του παιδιού στην Ελλάδα.
Την ίδια χρονιά, το Ευρωπαϊκό Παρατηρητήριο επέλεξε τον οργανισμό ως παράδειγμα κόντρα στην ξενοφοβία και τον ρατσισμό ενώ ένα χρόνο αργότερα βραβεύθηκε και από την UNESCO. Ο πατέρας Αντώνιος τον Δεκέμβριο του 2008 παρέλαβε από την Ακαδημία Αθηνών το βραβείο του Ελληνα που διακρίθηκε για πράξεις ανθρωπισμού και κοινωνικής αρετής.